وبداية من كتاب الجهاد في الأصل إلى كتاب الأشربة والصيد منه.
توجد اختلافات كبيرة في ترتيب المواد في النسخ المختلفة كما هو واضح من الجداول السابقة.
وهذه المقارنة بين النسخ من رواية يحيى بن يحيى الليثي، وليس بين مختلف الروايات للموطأ حتى لا يقال أن كل واحد من أصحاب الروايات المختلفة حصل على نسخة في وقت مختلف.
وكان من الممكن أن يقال: إن كراسة سقطت فوضعت في غير موضعها مصادفة، وكانت بداية الصفحة هي بداية كتاب أيضًا، وهذا لا يتأتى نظرًا للاختلاف في عشرات المواضع، ومن ناحية أخرى يصرح الناسخ أحيانًا بنهاية كتاب، وبداية كتاب آخر في وسط الصفحة.
ولا أجد مسوّغًا قويًا مقنعًا لهذا النوع من التصرف من النساخ، اللهم إلا أن يقال: اعتبر النساخ كل كتاب في داخل الموطأ كأنه تأليف مستقل، وليس هناك ثمة صلة وثيقة منطقية في ترتيب الكتب، ولذلك شعروا بحرية تامة في تغيير الترتيب حسبما اتفق للناسخ. وهو مسوّغ ضعيف، ولم أجد جوابًا حتى من الإخوة الذين تحدثت معهم في هذا الشأن. وقد ذكر القاضي عياض في ترتيب المدارك 2: 35 ما يدل على تفكير بعض النساخ.
قال القاضي عياض في ترجمة عبد الملك بن حبيب السلمي، أبو مروان:
ألف ابن حبيب كتبًا كثيرة حسانًا في الفقه والتواريخ والأدب، ومنها الكتب المسماة بالواضحة في السنن والفقه، ولم يؤلف مثلها.
والجوامع، وكتاب فضائل الصحابة، وكتاب غريب الحديث، وكتاب سيرة الإمام في الملحدين.
وكتاب طبقات الفقهاء والتابعين.
وكتاب مصابيح الهدى.
قال بعضهم: قسم ابن الفرضي هذه الكتب، وهذه الأسماء، وهي كلها