يتوقع الباحث عندما يقارن بين المخطوطات المختلفة لكتاب واحد برواية واحدة، أن يكون ترتيب الكتاب على نسق واحد، وأحيانًا يحصل الاختلاف في تقديم كتاب أو تأخير كتاب.
لكنني عند المقارنة بين مختلف النسخ - القديمة نسبيًا - من كتاب الموطأ وبين ما هو مطبوع وجدت اختلافًا شديدًا في ترتيب الكتب، أما الأبواب والأحاديث في داخل الكتاب فيكاد يكون الاتفاق بينها تامًا.
وعندما نقارن ترتيب الكتب والأبواب في المخطوطات القديمة للموطأ نجدها هي الأخرى تختلف فيما بينها اختلافًا كبيرًا.
1 -في المخطوطات كافة التي اعتمدناها للتحقيق لا توجد عناوين الكتب الكثيرة خاصة في كتاب الصلاة وكتاب الجامع، لكننا وضعنا عناوين تلك الكتب في كل المخطوطات نظرًا لترتيب الأحاديث على نسق الكتاب المطبوع، وكذلك العمل في كتاب الجامع.
2 -في المخطوطات الناقصة، أخذنا بأول كتاب في المخطوطة ثم بحثنا رقمه في الأصل، ومن ثم بدأنا بترقيم كتب المخطوطة الناقصة ابتداءً بذلك الرقم. فمثلًا مخطوطة ب تبدأ بكتاب النكاح ورقمه في الأصل 31، فأعطينا الرقم/31 لكتاب النكاح في نسخة ب، ثم أعطينا الرقم التسلسلي للكتب التالية وهلم جرًا، وقد استعمل هذا الأسلوب للنسخ الناقصة فقط.
3 -نجري المقارنة بين النسختين المطبوعتين، نسخة فؤاد عبد الباقي والنسخة التونسية، ثم نجري المقارنة العامة بين كافة المخطوطات والمطبوعات.
4 -سنورد أسماء كتب الموطأ وترتيبها في كل نسخة على حدة، ثم نقارن فيما بينها في جداول ملحقة. ولأجل هذه المقارنة غيرت أحيانًا في العنوان لتتفق العناوين بعضها مع بعض. أو وضعنا العنوان حيث لا يوجد العنوان أصلًا، وطبعناه ببنط صغير، مثل الطهارة، النداء للصلاة، السهو ... لأجل المقارنة لئلا يسبب ارتباكًا عند القارئ. وهذا في موضع المقارنة لمعرفة ترتيب الكتاب فقط.