ولعبت المجموعات المتأسلمة التي دربها الجيش الإندونيسي وزودها بالمعدات دورا حاسما في المذبحة. وقام أتباع حزب ماسومي، وهو القوة الإسلامية الرئيسية في إندونيسيا، بدور نشيط في قتل أعضاء الحزب الشيوعي، مثلما فعل المتبقون من دار الإسلام، وهي الجماعة المتطرفة التي كانت قد أجبرت على الاختباء تحت الأرض في ظل سوكارنو، والتي نفذت مذابح فيمن يشتبه أنهم شيوعيون في أقاليم عزب جاوه وأتشيه وشمال سومطره. (7) و استفادت هذه القوات من الأسلحة الأمريكية - كانت السفارة الأمريكية في تايلاند تشتري الأسلحة سرا من المؤسسة العسكرية الإندونيسية التسلح الشباب المسلمين والوطنيين في جاوه الوسطى لاستخدامها ضد الجزب الشيوعي الإندونيسي. (38)

كانت الحملة العسكرية الإندونيسية ترمي إلى القضاء على كل العقبات - القوميين الاجتماعيين أو العلمانيين - التي تعترض استيلاء المؤسسة العسكرية على البلاد. وقد نجحت جزئيا بفضل الاعتماد المزدوج على القوى المتأسلمة، التي كانت تعمل جنود مشاة، والعمل السري البريطاني الأمريكي - والذي يتم في تعاون بحكم الأمر الواقع، وإن لم تكن هناك أدلة في الملفات البريطانية عن اتصالات بريطانية مباشرة مع الدهماء المتأسلمين. وأخرت هذه الأحداث بزوغ الديمقراطية في إندونيسيا لأكثر من جيل.

وبعد استيلاء سوهارتو على السلطة، أقام"نظاما جديدا"تم فيه التخلي عن كثير من سياسات سوكارنو، وانتهت المواجهة على ماليزيا وتم فتح البلاد أمام المستثمرين الأجانب، مما أغبط صناع السياسة في لندن وواشنطن الذين أصبحوا حلفاء أوفياء للنظام، ولم يلق المتأسلمون مثل هذا الحظ، فقد رفض النظام الجديد تنفيذ الشريعة، وعلى الرغم من أنه أطلق سراح زعماء