من أهم ما يميز «النموذج الجديد» تحول بؤرة الاهتمام الرئيسي للقوات المسلحة من الأمن الداخلي إلى الدفاع الخارجي. الشرطة الوطنية، التي كانت في الأصل تحت سيطرة وقيادة القوات المسلحة، أصبحت مؤسسة منفصلة تتبع الرئيس واسندت إليها مسئولية ومهام الأمن الداخلي. «النموذج الجديد» يلزم الشرطة بأن تطور قدراتها شبه العسكرية للتعامل مع القلاقل واعمال الشغب والتمرد والأخطار الأمنية الداخلية الكبيرة. القوات المسلحة (TNI) يمكن أن تساعد الشرطة في حال عجزها عن التعامل مع موقف ما، وفي حال ما إذا صدرت لها اوامر بذلك من السلطات المركزية. في سنة 2001، اعترف البرلمان الإندونيسي بان الجيش فحسب، هو الذي لديه القدرة على حفظ النظام العام والتصدي للحركات الإنفصالية المسلحة، وذلك عندما أصدر تشريعا يسند إلى القوات المسلحة أربع مهام أمنية داخلية، بما في ذلك القيام بعمليات ضد الانفصاليين و عناصر وقوات التمرد وتجارة المخدرات وعمليات التهريب (2)

في الوقت الحالي، لا تواجه إندونيسيا اية مخاطر تقليدية خارجية تهدد أمنها القومي سوي الإرهاب الدولي المجموعة الإرهابية المحلية الجماعة الإسلامية»، قامت بهجمات مستخدمة القنابل والمتفجرات ضد الأندية الليلية في «بالي - Bali» في اكتوبر 2002، وضد فندق «ماريوت چاکرتا» في أغسطس 2003 مما أسفر عن خسائر كبيرة، كما حدث عندما هوجمت السفارة الإسترالية في جاكرتا في سبتمبر 2009. وأدت عمليات البحث والتحري الإندونيسية والدولية المشتركة إلى القبض على عدد من القائمين بها، وكشفت عن وجود شبكة من الإرهابيين تضم بين أعضائها تنظيم «القاعدة» . إضافة إلى ذلك، تشكل القرصنة في مضيق ملقا و عمليات التهريب وانتهاك المياه الإقليمية، خطورة على الأمن الإندونيسي (5)

تواجه إندونيسيا كذلك عددا من الأخطار الأمنية الداخلية نابعة من الإرهاب والصراع العرقي والديني؛ فإلى جانب «الجماعة الإسلامية» هناك انفصاليون في «اکه - Aceh» سوپاپوا - Papua». «چ ي راكان أكه ميرديكا» (GAM) - حركة أكة الحرة - تسعى إلى إقامة دولة إسلامية مستقلة في أكه، و «أورجانيزاسي پاپوا ميرديکا» (OPM) - حركة پاپوا الغربية الحرة - تسعى إلى استقلال پاپوا. كانت هناك كذلك أحداث عنف ديني كبيرة في رمالوكو - Maluku» و «سولاويسي الوسطى - Central Sulawesi» ، وعنف عرقي على استخدام الأراضي في «كاليمانتان - Kalimantan» ومناطق أخرى، وأعمال شغب معادية للصينيين في المناطق المدنية، وأحداث عنف ضد الغربيين في المناطق السياحية ومدن مثل جاكرتا، تقوم بها جماعات إسلامية متطرفة (5)