ت الاتصال بأعضاء الهيئات في كثير من الأوقات متعذر.
ث لا تتوفر إجابات مباشرة للأسئلة فيما كتبه الفقهاء السابقين مما يؤدي إلى ضرورة الاجتهاد في معظم هذه المستحدثات الكثيرة.
ج يلاحظ أن معظم موظفي المصارف الإسلامية ممن هاجروا من المصارف الربوية.
ح غياب تفهم البنوك المركزية للعمل المصرفي الإسلامي وعدم الاستعانة بأعضاء رقابة شرعية مما يجعل ساحة عمل المصارف الإسلامية ضيقة إلى حد الاختناق.
خ إن بعض هيئات الرقابة الشرعية لا تتمتع بالقوة القانونية لتحقيق أهدافها.
د هناك اختلافات كبيرة في مفهوم الرقابة الشرعية وبالتالي في العمل الذي تقوم به الجهات التي تقوم بالرقابة الشرعية.
ذ وانبنى على النقطة السابقة أن الأعمال الفنية لهيئات الرقابة الشرعية أصبحت غير متسقة, فليس هناك اتفاق على مفهوم مراجعة العمليات مثلًا.
ر عدم تضمين تقرير الرقابة الشرعية التصريح بالاطلاع على كل أعمال المصرف.
ز تواجه الرقابة الشرعية أنواعًا من التعاملات السيئة بين الناس, وندرة تعامل هؤلاء بطرق التعامل الإسلامية.
س على الرغم من أهمية وندرة هذه الهيئات وتشابه وتشابك أعمالها إلا أنه ما زالت آليات التنسيق بين هذه الهيئات محدودة.
ش كثير من المخالفات الشرعية في المصارف الإسلامية تسببها