تولى الخلافة عثمان بن عفان رضي الله عنه واستمر الناس في دفع الزكاة له أو إلى عمّاله الذين يفوض لهم تحصيل الزكاة واستلامها ممن تجب عليهم وتوزيعها على مستحقيها وقد كثرت أموال الصدقة في عهده حتى بلغت أرقامًا هائلة ولكنه رضي الله عنه حرص بكل أمانة وعفة أن يجمعها ويوصلها إلى مستحقيها وقد اشتهر رضي الله عنه بسخائه وكرمه قبل توليه الخلافة حين كان ذا ثروة في الجاهلية والإسلام وبعد توليه الخلافة كان يطعم الناس طعام الإمارة ويدخل إلى بيته فيأكل الخل والزيت.
وقد ولي عثمان بن ثابت على بيت المال وأمره أن يتصرف بما فيه حسب ما يراه في مصالح المسلمين. وذات مرة أمره أن يفرق ما في بيت المال على المستحقين ففضل في بيت المال ألف درهم فأمره أن ينفقها فيما يراه أصلح للمسلمين فأنفقها زيد على عمارة مسجد رسول الله - صلى الله عليه وسلم - .
الزكاة في عهد علي بن أبي طالب رضي الله عنه: