توفي ليلة الخميس 18/ 10/ 1087 هـ الثامن عشر من شهر شوال عام سبعة وثمانين وألف من الهجرة، وتولي غسله بيده تلميذه الفاضل أحمد البناء الدمياطي، وصلي عليه بجامع الأزهر يوم الخميس إمامًا بالناس الشيخ شرف الدين بن شيخ الإِسلام زكريا الأنصاري، وكان له مشهد عظيم وحصل للناس عليه من الجزع ما لم يعهد لمثله.