هرب إلى إيران ومنها دخل عبر الحدود إلى كردستان العراق وعاش في المناطق التي كانت تسيطر عليها جماعة أنصار الإسلام التي قصفتها القوات الأمريكية بقرابة 30 صاروخ كروز بتاريخ 23 مارس 2003م مما أسفر عن مقتل 57 من أبناء الجماعة الإسلامية وأنصار الإسلام وبعض الضيوف العرب .. وبرر تومي فرانكس هذا العدوان بأن أبا مصعب الزرقاوي يدير هذا المعسكر.

وكانت الحكومة الأردنية قد اتهمته بتدبير قتل الدبلوماسي الأمريكي (لورانس فولي) بتاريخ 28 أكتوبر 2002م في عمان.

ظهور اسم الزرقاوي في القاموس الإعلامي اليومي:

ثم برز اسم أبي مصعب الزرقاوي في القاموس الإعلامي اليومي بسبب محاول المخابرات الأمريكية إيجاد علاقة بين الزرقاوي وبين النظام العراقي السابق لتسويق وتبرير حربه على العراق ..

ومع كل حادث يتم في العراق تشير أصابع الاتهام لأبي مصعب الزرقاوي فصار الشماعة الجاهزة والدليل الحاضر لدي قوات الاحتلال!! كما حدث في تفجير السفارة الأردنية في بغداد بتاريخ 7 أغسطس 2003م .. واتهامه بحادث تفجير مبنى الأمم المتحدة ومقتل باقر الحكيم وأخيرًا اتهامه بمجزرتي كربلاء وبغداد يوم احتفال الشيعة بذكرى عاشوراء وقبل هذه الحادثة بأيام كانت القوات الأمريكية قد أعلنت أنها عثرت على وثيقة منسوبة للزرقاوي في مخبأ ببغداد بتاريخ 23 يناير 2004م يحرض على إشعال الفتنة الطائفية، وكلام كثير كتب بعناية لمصلحة الاحتلال الأمريكي وكأن قوات الاحتلال تمهد بهذه الوثيقة لمجزرة كربلاء والكاظمة وبغداد يوم عاشوراء .. فلم ينطل كلام قوات الاحتلال على المراقبين لوضع المقاومة في العراق بل إن كثيرًا من المراقبين شككوا في نسبة هذه الوثيقة إلى الزرقاوي ..

أسباب تشككنا في نسبة الوثيقة وأحداث كربلاء إلى أبي مصعب:

ونحن بدورنا نشكك في هذه الوثيقة ونسبة أحداث كربلاء وغيرها إلى الزرقاوي للأسباب التالية:

أولًا: إن قوات الاحتلال قالت إنها عثرت قرص كمبيوتر مخزن فيه هذه الوثيقة ولا يوجد عليها اسم الزرقاوي وأن أحد الخبراء العسكريين يرجح أن هذا خط الزرقاوي!! وهذا عجيب في عالم الكمبيوتر!!