وبالإضافة إلى المشكلات الداخلية (النزعة الأبوية والقصور الإداري) فإن السيطرة الحكومية تفرض عقبة حقيقية على استقلال المنظمات غير الحكومية وأدائها الصحي. وبشكل عام، وكما هو الحال في الروابط ذات الطابع الشعبي، فإن الدول في المنطقة تعبر عن موقف متناقض تجاه المنظمات غير الحكومية: فهي تدعمها مادامت المنظمات غير الحكومية تحمل عبء تقديم الخدمات وتخفيف الفقر. ففي نهاية التسعينيات نما إدراك بين دول الشرق الأوسط حول الإسهامات التي يمكن أن يقدمها القطاع التطوعي في التنمية الاجتماعية، كما انعكس في ظهور قوانين جديدة أكثر قبولا مع وجود تعبير عام عن تأييد المنظمات (كما هو الحال في مصر وإيران والأردن) . كما أن الحكومات تخاف أيضا من فقدان الفضاء السياسي، وذلك بسبب الاحتمال القائم بأن تتحول المنظمات غير الحكومية إلى موقف المعارضة، و غالبا ما تنزل الروابط المهنية في مصر والأردن وفلسطين وإيران) إلى حلبة السياسة، معوضة بذلك غياب الأحزاب السياسية وعدم كفايتها. وبالتالي فإن الحكومات تفرض رقابة قانونية مشددة عن طريق الفحص الدقيق للمنظمات غير الحكومية عند بداية إنشائها، في الوقت الذي تسمح فيه بحرية تكوين الروابط، كما أن الحكومات تقوم أيضا بمراجعة عمليات جمع الأموال والتفتيش على المنظمات غير الحكومية غير الملتزمة بالقانون. ويرتبط هذا الموقف المتناقض جزئيا بالقدرات السياسية والاقتصادية للدول ولذلك فإنه في الوقت الذي يمكن فيه أن يؤدي الضعف الاقتصادي في بلد من البلدان إلى خلق فضاء للنشاط الذاتي للأفراد، متمثلا في المنظمات غير الحكومية، فإن الضعف السياسي للدولة عادة ما يكبح هذا