لتصرفه نهائيًا عن البحث، وكان مهتمًا خاصة بحركة القمر: أحد أفضل فصول كتاب المبادئ، ولكنه لم يتمكن من تفسير كل اضطرابات وعدم استقرار حركة القمر، الذي أعجز أفضل الراصدين وأكثرهم جلدًا، إن تحديد حركة القمر الواقعة تحت تأثير الأرض والشمس، هو مشكل حركة ثلاثة أجسام المشهور، والذي كان موضوع عدة مسابقات علمية عالمية، لقد لمس نيوتن من خلال أعماله صعوبة المشكل، ولم يتمكن من حله بالمستوى المطلوب، ويعتبر الأرصاد هي الشاهد على صحة أعماله، ولكن جداول القمر كانت قليلة الدقة، حتى أن الملك شارل الثاني أحدث مرصد غرينتش لزيادة دقة هذه الجداول، إن الفلكي الملكي فلاميستيد مدير المرصد كان كنزًا متعدد المواهب، لقد كان يعرف عبقرية نيوتن، وكان مستعدًا لكي يعطي مشاهداته لنيوتن، ولكنه كان يرغب في أن يضفي عليها الدقة التي كان يعتقد بأن بإمكانه بلوغها، ولكن نيوتن المتعجل كان يريدها حالًا، و يظهر أنه كان يعتبرها دينًا مستحقا على فلامستيد ... ، وبعد ضغطه المتواصل حصل على المشاهدات ... ، وقد عبَّر على شكره لفلامستيد من خلال رسالة عبر فيها عن امتنانه، وأنه لولا هذه المشاهدات لم يكن ليعود لدراسة حركة القمر.

فلامستيد كان يريد أن يراجع من جديد مشاهداته، لذلك اشترط أن لا تتم عملية نشر مشاهداته إلا بعد إذنه، ولكن نيوتن كان مخطئًا كثيرًا عندما نسي هذا الشرط أو لم يعبأ به، ولكنه بالرغم من هذا الاستخفاف فكان هو الذي يحتج، فلامستيد أرسل إلى wallis مذكرة للنشر والتي تحدث فيها عن مشاهداته، وأعلن من خلالها للقراء بأن هذه المشاهدات سلمت لنيوتن لمساعدته في أعماله حول القمر، نيوتن علم بأمر المذكرة عن طريق صديق غير كتوم ل wallis، وصور خيال نيوتن المريض هذه المذكرة بأنها تشهير به وتعدٍّ عليه، فكتب لفلامستيد بصيغة حانقة:"لا أحب أن أرى اسمي ينشر في كل مناسبة ... ، لهذا لقد طلبت من الدكتور gregory أن يكتب ل wallis لكي يمنعه من طباعة الفقرة التي لها علاقة بأعمالي، وأن لا يذكر اسمي بتاتًا ... ، أتمنى أن تقوم بحل هذا المشكل بحيث لا تظهرني على المسرح"، بالرغم من هذه المشاكل فنيوتن الذي كان بحاجة لفلامستيد عاد لزيارته وفي