وبدأ نابليون فورا في إصدار أوامر مفصلة لإعداد أسطول فرنسي جديد (استخدم المؤلف عبارة new armada أي أسطول قوي على نمط الأساطيل الإسبانية والبرتغالية في عصورها الزاهرة) ، فكان لا بد من تجميع القوات والمواد التالية في طولون Toulon وجنوى وأجاكسيو Ajaccio أو سيفيتا فيشيا: Civitavecchia 13 سفينة حربية وسبع فرقاطات و35 سفينة قتال أخرى و130 سفينة نقل، 16,000 بحار و38,000 جندي (كثيرون منهم كان مع الجيش الفرنسي الذي حارب في إيطاليا) بالإضافة إلى المواد والعتاد الضروري، ومكتبة مكونة من 287 مجلدًا· وكان العلماء والباحثون والفنانون سعداء بقبول الدعوة للانضمام إلى ما وصف بأنه اتحاد مثير وتاريخي بين المغامرة (العسكرية) والبحث· وكان من بين هؤلاء العلماء: مونج Monge الرياضي وفورييه Fourier الفيزيائي، وبيرثولي Bertholet الكيميائي· وجيوفرى سان هيلار Geoffroy Saint-Hilaire البيولوجي (عالم الأحياء) · وقام تاييه Tallien بالتنازل عن زوجته لبارا واتخذ سبيله بين العلماء·
وقد لاحظ العلماء وقد اعتراهم الفخر أن نابليون أصبح الآن يوقع خطاباته مشفوعة بعبارة"بونابرت عضو المجمع العلمي الفرنسي والقائد العام"· وبوريين Bourrienne الذي كان قد رافق نابليون كسكرتير له في كامبوفورميو Campoformio في سنة 1797، صحبه أيضا في هذه الرحلة (إلى مصر) وقدم لنا رواية مفصلة عن مصيرها· وأرادت جوزيفين أيضا أن تواصل الرحلة، فسمح نابليون لها بمرافقته حتى طولون لكنه منعها من ركوب السفن، وعلى أية حال فقد أخذ معه ابنها يوجين بوهارنيه الذي كان نابليون قد أحبه لتواضعه وكفاءته وولائه وقوة إخلاصه، وقد حزنت جوزيفين حزنا مضاعفا لهذا الفراق؟ أيمكنها أن ترى ابنها أو زوجها مرة أخرى بعد هذا الفراق؟ ومن طولون اتجهت جوزيفين إلى بلومبيير Plombieres لتتناول"مياه الخصوبة"لأنها أصبحت الآن - وكذلك نابليون - تريد طفلا·
وفي 19 مايو سنة 1798 أبحر الأسطول الأساسي من طولون ليكرر في التاريخ الحديث إحدى روايات تاريخ العصور الوسطى·
من 19 مايو 1798 إلى 8 أكتوبر 1799