وتولى أيضًا ماهر الأسد العلاقات المالية والتجارية مع إميل إميل لحود ورستم غزالة والتي تشمل تهريب المخدرات من لبنان وكازينو لبنان ومشاريع اعمارية واقتصادية وبنك المدينة وبنك الموارد.

وفي عام 2000 أيضًا تسلم ملف الاتصالات السرية مع إسرائيل بواسطة الإعلامية ماريا معروف حيث ربطته مع تاجر سلاح من أصل لبناني مقيم في بريطانيا حيث جرت المحادثات والاجتماع مع الإسرائيليين في إحدى الدول العربية والذي كان ينسق الاتصالات من الجانب الإسرائيلي مدير عام وزارة الخارجية ايتان بنتسور، ومن الجانب السوري شقيق الرئيس السوري ماهر الأسد. ونقلت التقارير كل الوقت إلي القدس حيث كان وزير الخارجية سيلفان شالوم في سر الأمور، وإلى دمشق التي كان يتلقى فيها الرسائل ويصدر منها الردود عليها ردودا قاطعة لا لبس فيها الرئيس الأسد بنفسه.

والآن يتبين أنه باستثناء الحقيقة، والتي نشرت لأول مرة في (معاريف) أن الرئيس السوري مستعد للعودة إلي طاولة المفاوضات دون شروط مسبقة أعرب الرئيس السوري أيضا عن استعداده لزيارة القدس. سؤال بهذا الأسلوب نقله الطرف الإسرائيلي بواسطة شقيق الرئيس والجواب الذي عاد من دمشق كان: (الرئيس لا يستبعد الوصول إلى القدس) . وأكد بنتسور نفسه أمس المعلومة ولكنه رفض التوسع. (الاتصالات كانت جدية جدا) . ولكن بسبب الخلافات قبل وفاة والده حافظ الأسد مع صهره اصف شوكت تم تحجيم ماهر في مسألة التفاوض مع الإسرائيليين وكان ذلك بطلب من اصف شوكت لبشار الأسد مما زاد الخلاف بين اصف شوكت وماهر الأسد حيث أصبح في سورية تيارين التيار الأول ماهر الأسد ومحمد ناصيف وتيار الثاني اصف شوكت وفاروق الشرع وما تزال المنافسة المستعرة بين رجلي الأمن السوري القويين ماهرالأسد شقيق الرئيس الأصغر وصهره آصف شوكت تضع احدهما في مواجهة الآخر. مصادر سورية ولبنانية متعددة أفادت بأن اللواء آصف شوكت رئيس أجهزة المخابرات العسكرية السورية اعتكف عن زيارة مكتبه في حي المزة لبضعة أيام في منتصف أيار/ مايو الماضي، مبديًا اعتراضه على ما اعتبره حلفًا معقودًا ضده بين الرئيس بشار الأسد والمشرف على الحرس الجمهوري العقيد ماهر الاسد في الوقت الذي كان فيه عرضة لأشد الضغوط من الولايات المتحدة والأمم المتحدة. ولم يعد الحوار بين الرجلين إلا بعد تدخل قوي من بشرى الأسد شقيقة الرئيس وزوجة آصف شوكت. وفي موازاة ذلك كان رئيس الحرس الثوري الإيراني اللواء رحيم صفوي المعروف بعلاقاته الجيدة مع آصف شوكت يقود وساطة إيرانية سرية للغاية، ولأجل هذه الغاية تعمد الانتقال إلى دمشق. العداوة بين الرجلين بدأت في شهر آذار/ مارس عندما عمد اللواء شوكت إلى تعزيز نفوذه عبر إجراء بعض التغييرات في المناطق العسكرية. وفي شهر نيسان/ ابريل، تلقى العقيد الأسد من شقيقه أمرًا بتسمية اللواء عبد الفتاح قدسية على رأس جهاز المخابرات الجوية، وهو ما فسره آصف شوكت على انه تعد على «حقله الخاص» . العميد قدسية مقرب من عائلة مخلوف التي تنتمي إليها والدة الرئيس أنيسة مخلوف الأسد، وكان المسؤول عن أمن الحرس الجمهوري بقيادة الأسد. وفي مطلع أيار/ مايو أتى الرد من قبل آصف شوكت بتعزيز سلطات العديد من مسؤولي الاستخبارات العسكرية: رئيس وحدة مكافحة الإرهاب اللواء أمين