أما الخلافة كنظام حكم، فإن الآية الكريمة لا تنظمها ولا تشير إليها، وإنما مرجعها إلى نص قرآني آخر هو قوله تعالى: {وَأَمْرُهُمْ شُورَى بَيْنَهُمْ} الشورى 38، وإلى نص نبوي صحيح هو حديث"الخلافة على منهاج النبوة". وقد تضمن الإشارة إلى شكل النظام وجوهره؛ فالشكل هو"الاستخلاف الجماعي"لأجيال الأمة، أي تعاقبها على تسيير أمرها، واعتبار رجال الإدارة من القمة إلى القاعدة مجرد نواب أو وكلاء ـ خلفاء ـ في تنفيذ القرارات؛ والمضمون هو ما عُبِّر عنه بـ"منهاج النبوة". وهذا المنهاج هو الذي شرحه قول الله تعالى: {وَأَمْرُهُمْ شُورَى بَيْنَهُمْ} الشورى 38، وبيّنته السنة العملية التي جعلت الكافة مسلطين على أمرهم تقريرا وتنفيذا ومحاسبة وانتفاعا.