وفي عام 1977م ودع ليبيا متوجهًا إلى المدينة المنورة على ساكنها أزكى الصلاة والسلام وعين معيدًا في كلية القرآن الكريم والدراسات الإسلامية في الجامعة الإسلامية في المدينة المنورة سنة 1397هـ وانتفع منه خلق وطلاب كثيرون في الجامعة وغيرها.
وفي هذه الفترة أخرج شيخنا كتابه العجيب"هداية القاري إلى تجويد كلام الباري"فجاء الكتاب حلوًا حاويًا لشتى المسائل في علم التجويد، وما إن بزغ نجم هذا الكتاب حتى تلقاه الناس بالاهتمام، وأقبلوا عليه ينهلون من رحيقه، وينتفعون بما فيه من أحكام التلاوة التي قل أن نجدها في غيره ويدرك ذلك من يطالع الكتاب.
وتكريمًا لجهوده في هذا الكتاب قررت إدارة مجلس الجامعة أن تكرم الشيخ فرفع الكتاب إلى المجلس الأعلى للجامعات ثم صدرت الموافقة في الأمر الملكي بتاريخ 6/ 2/1406هـ بترقية الشيخ عبدالفتاح المرصفي إلى درجة أستاذ في كلية القرآن الكريم والدراسات الإسلامية، وعين عضوًا في اللجنة العلمية لمجمع الملك فهد لطباعة المصحف الشريف للإشراف على المصحف الشريف طباعة وتسجيلًا بأصوات أشهر القراء في المملكة العربية السعودية.
كان بيت الشيخ في المدينة المنورة حافلًا بالطلاب الذين يقرؤون عليه فكانوا يزدحمون على بيته رأيت ذلك بعيني، حتى كان بعضهم يقرأ عليه أثناء تناول الطعام. كان رحمه الله متضلعًا في العلم وكأنما ألين له العلم حتى استظهر متونه كلها حتى إن بعض المدرسين في الجامعة كانوا يأخذون عنه، ورغم مرضه الشديد كان يقرىء الطلاب ولا يمنع أحدًا.
للشيخ مؤلفات كثيرة منها:
1 -الطريق المأمون إلى أصول رواية قالون (مطبوع) .
2 -هداية القاري إلى تجويد كلام الباري (مطبوع) .
3 -شرح الدرة (مخطوط) .
وأما الذين أخذوا عن الشيخ فأعداد كثيرة منهم:
1 -الشيخ أحمد الزعبي الحسني أخذ عنه قراءة حفص من الشاطبية والدرة وأجازه بذلك كما قرأ عليه عقيلة أتراب القصائد في رسم المصاحف.
2 -الشيخ عبدالرحيم البرعي أخذ عنه القراءات العشر من طريق الشاطبية والدرة.
3 -الشيخ محمد تميم الزعبي أخذ عنه القراءات العشر عن طريق الطيبة وقرأ عليه عقيلة أتراب القصائد وناظمة الزهر.
4 -أحمد ميهان التهانوي الباكستاني أخذ القراءات الثلاث من طريق الدرة.
5 -الشيخ إدريس عاصم من لاهور باكستان أخذ عنه القراءات العشر من طريق الشاطبية والدرة.
6 -الشيخ محمد إبراهيم الباكستاني أخذ القراءات العشر من طريق الشاطبية والدرة.
7 -الشيخ عبدالرحيم محمد الحافظ العلمي من المدينة المنورة أخذ عنه رواية حفظ من الشاطبية وقرأ عليه القراءات السبع من طريق الشاطبية.
8 -الشيخ عبدالناصر يوسف سلطان من المدينة المنورة قرأ عليه رواية حفص عن عاصم من طريق المصباح وأجازه بذلك.
9 -الشيخ زايد الأذان من موريتانيا قرأ عليه القراءات السبع ووصل إلى سورة الأحزاب ولم يكمل حيث وافى الشيخ الأجل.
10 -الشيخ يوسف شفيع قرأ عليه القراءات العشر الصغرى ووصل إلى سورة الأنبياء حيث توفي الشيخ.
11 -الشيخ خالد محمد الحافظ العلمي قرأ عليه ختمة برواية حفص عن عاصم من الشاطبية وأجازه بذلك.
وهنالك خلق كثيرون أخذوا عن الشيخ
وفي يوم الأربعاء 17/ 6/1409هـ وبعد صلاة العصر كان يقرأ على الشيخ طالب من الإمارات المتحدة يدعى بلال فوصل إلى سورة الملك عند قوله تعالى: {إنَّ الذين يخشون ربهم بالغيب لهم مغفرة وأجر كبير} وفجأة سكت قلب طالما خفق خاشعًا لربه، ووقف لسان طالما نطق ذاكرًا ربه، وانتهت مسيرة شعلة كانت مضيئة، فانطفأت وتركت ضلالًا يافعة أسأل الله أن يبارك فيها.
وفي يوم الخميس 18/ 6/1409هـ صلي على الشيخ في الحرم النبوي الشريف بعد صلاة الفجر وسارت الجنازة حيث استقبل البقيع مقرىء العصر ووري حثمانه بين قبر سيدنا عثمان وشهداء الحرة رحمهم الله تعالى.
رحم الله شيخنا وأسكنه فسيح جناته ونور مرقده وجعل مع المقربين مقيله وسكناه. آمين.
وصلى الله وسلم على المبعوث رحمة للعالمين وعلى آله وصبحه آجمعين.