-عاد إلى مصر ليمارس فيها الطب، وأصدر مجلة اسمها (الشفاء) لينشر من خلالها أفكاره، لا سيما فكرة (التطور) لداروين، التي آمن بها شميّل إيمانًا كاملًا، وتطرف في مناصرتها والدعوة إليها.

-كان يكتب في عشرات المجلات المصرية

-توفي في القاهرة عام 1917م عن عمر يناهز الرابعة والستين.

آثاره:

1 -كتاب"فلسفة النشوء والارتقاء"طُبع لأول مرة في عام 1885، ثم أصدرت"المقتطف"الطبعة الثانية، في القاهرة عام 1910. وهو كتاب يشمل مقدمة الطبعة الثانية ومقدمة الطبعة الأولى، وكتاب"شرح بخنر على مذهب داروين"، ورسالة"الحقيقة"التي يرد فيها على من انتقدوه،"وملحق في مباحث الحياة لتأييد الرأي المادي فيها"و"خاتمة الكتاب".

2 -"الجزء الثاني من مجموعة الدكتور شبلي شميّل"ويضم 69 مقالة، نشرها في صحف ومجلات عديدة. نُشر هذا الكتاب في عام 1909 في القاهرة.

3 -رسالة بعنوان"شكوى وأمل"، وجّهها إلى السلطان"عبد الحميد"، يشرح فيها وجهة نظره في ما كانت تفتقر إليه الدولة العثمانية.

4 -رسالة"المعاطس"، وهي صغيرة على نسق رسالة"الغفران"للمعرّي.

5 -رسالة"آراء الدكتور شميّل".

6 -رسالة"سورية ومستقبلها".

7 -شروح وتعليقات على كتب طبّية قديمة، تولى نشرها؛ كفصول"أبقراط"، وأرجوزة"ابن سينا"

-له نظم وليس بشاعر.

-كان يُجيد الفرنسية، ويُعدّ من الكتّاب فيها.