والتنبه أيضًا لغرس العقيدة السليمة في نفوس الطلاب، وتنبيههم إلى بعض العقائد الضالة الباطلة التي تحاول أن تؤثر على المسلمين في تلك البلاد، ثم التركيز على تعليمهم المبادئ الفقهية الأساسية التي يحتاجونها، وأمور العبادات والمعاملات الضرورية نظريًا وعمليًا، والتطبيق العملي على الإمامة والخطابة في المركز وفي المسجد المجاور .

والاهتمام أخيرًا ببرامج النشاط غير المنهجي، كالرياضة الصباحية اليومية، والسباحة والرحلات، وتطبيق برنامج الزراعة ؛ حيث يوزع على كل طالب - حسب الرغبة - قطعة أرض صغيرة يعنى بزراعتها ونظافتها، ويزيده اعتمادًا على ذاته.

وقد حفل البرنامج اليومي للمعهد بالعديد من الأنشطة المهمة إضافة إلى الخطة الدراسية العلمية المقررة .

الكتب والمناهج التي اعتمدها البرنامج لمعهد زيد بن ثابت ولبقية المعاهد والمراكز القرآنية:

1 -كتاب كيف تحفظ القرآن الكريم، قواعد أساسية وطرق عملية .

2 -كتاب علم التجويد - أحكام نظرية وملاحظات عملية تطبيقية - المستوى الثاني .

3 -كتاب ورتل القرآن ترتيلا، وصايا وتنبيهات في التلاوة والحفظ والمراجعة.

4 -كتاب آداب طالب العلم، منهج توجيهي تربوي للمعاهد القرآنية .