تتنوع نظم الرقابة في المؤسسات المالية الإسلامية إلى ستة أنواع ثلاثة تقليدية تم استصحابها من المؤسسات التقليدية مع تطويرها بما يتلاءم مع خصوصية المؤسسات المالية الإسلامية من حيث التزامها بمبادئ الشريعة الإسلامية في معاملاتها، والثلاثة الأخرى شرعية مستحدثة أو يجب استحداثها مع نشأة البنوك الإسلامية.

أما الثلاثة التقليدية فهي:

1.نظام الرقابة المالية (والإدارية) الداخلية.

2.نظام الرقابة المالية الخارجية.

3.نظام الرقابة المركزية المصرفية.

وأما الثلاثة الإسلامية فهي:

1.نظام الرقابة الشرعية الداخلية.

2.نظام الرقابة الشرعية الخارجية.

3.نظام الرقابة المركزية الشرعية.

وكل نظام من هذه النظم يتكون من جابين:

الجانب الأول: المرجعية:

وتتمثل هذه المرجعية في النظم التقليدية بالمعايير المحاسبية الإسلامية الصادرة عن أيوفي (التي يجب اعتمادها على مستوى المؤسسات المالية الإسلامية) ومعايير الرقابة والإشراف المصرفي على الائتمان والمخاطر الصادرة عن مجلس الخدمات المالية الإسلامية في ماليزيا. وفي غياب اعتماد هذين النوعين من المعايير الإسلامية تكون المرجعية معايير المحاسبة الدولية أو الأمريكية ومعيار بازل 2 وفق ما يعتمده البنك المركزي في كل دولة، وهو مما لا يتلاءم مع طبيعة وخصوصية المؤسسات المالية الإسلامية، وهو القائم في عدد من الدول.

أما المرجعية في النظم الشرعية المستحدثة فهي تتمثل في أغلب الدول في قرارات الهيئات الشرعية الخاصة، عدا بعض الدول التي أقرت الإلزام بالمعايير الشرعية فيجب أن تتحول فيها المرجعية من قرارات الهيئة الخاصة لتكون المعايير الشرعية هي المرجعية.

والجانب الثاني: المراجعة:

وتتمثل في وظيفة المتابعة اللاحقة التي لا يخلو أي نظام رقابي، ويستند تنفيذها إلى تأكد من تنفيذ المؤسسات للتعليمات التي تنص عليها المرجعية المعتمدة.

وقد قامت بعض الدول ومنها سوريا باعتماد العمل بالمعايير المحاسبية الإسلامية كمرجعية محاسبية على مستوى المؤسسات المالية الإسلامية الأمر الذي يسهم في تطابق أو تقارب