الاعتداء على حرمة القتلى
منعت القوات الحكومية دفن كثير من جثث القتلى، وتركت أعدادًا هائلة منها على أرصفة الشوارع وفي الأزقة والبيوت بلا دفن، مستغلة غياب وسائل الإعلام التي مُنعت من الوصول إلى المدينة المحاصرة حصارًا محكمًا. وانتشرت روائح الجثث في أحياء كثيرة، ولعب ذلك دورًا في انتشار الأوبئة والأمراض، وقُتل بعض المواطنين الذين حاولوا دفن قتلاهم.
وفي نهاية المجزرة، قام الجنود بعمليات تمشيط لإخلاء المدينة من جثث الضحايا، فكانوا يرمون الجثث من شرفات المنازل لتجميعها. وأما الجثث المتفسخة فأُجبر المواطنون بقوة السلاح على حملها، فكانت أطرافها تنفصل عن الأجساد في أيدي حامليها.
وبعد مضي أسبوع على نهاية المجزرة، جلبت السلطات طلاب"الفتوة"من المناطق المحيطة بالمدينة وقراها، وأمرتهم بغسل شوارعها المغطاة بدماء القتلى وبقايا جثث الضحايا التي كانت الكلاب قد بدأت بحمل أطرافها ورؤوسها، والتجول بها، وشوهد ذلك في منطقة"الشيخ مهران".
السجن
سُجنت أعداد كبيرة جدًا من سكان المدينة، ويُعتقد أن نسبة مرتفعة من المفقودين بعد المجزرة اقتيدوا إلى السجون، حيث أُجهز عليهم.
وبلغ عدد السجون في المدينة 14 سجنًا بينها مدارس ومرافق عامة استُخدمت كمعتقلات. والسجون هي:
معتقل اللواء 47، معتقل الثكنة، معتقل المطار، معتقل المحلجة الخماسية (محلجة أبي الفداء) ، معتقل المنطقة الصناعية، معتقل مدرسة غرناطة، معتقل مدرسة الصناعة، معتقل معمل البورسلان، معتقل المخابرات العسكرية، معتقل الأمن السياسي، معتقل أمن الدولة، معمل الغزل، معمل البلاط، مركز الدفاع المدني.
ومورس التعذيب في السجون على نطاق واسع، وسلم بعض المعتقلين من الموت بالإفراج عنهم بعدما دفع أهلوهم رشاوى طائلة. كما شهدت سجون حماة مجازر جماعية، ومن الأخبار المسجلة للمجازر بحق المعتقلين، ما حدث في أحد السجون، إذ دخل اللواء علي حيدر (قائد الوحدات الخاصة) إلى السجن، وخاف المعتقلون في أحد المهاجع مما قد يحل بهم بعد زيارته فهتفوا بحياته، فأمر لهم بطعام وبطانيات. غير أن السجن كان تابعًا لسرايا الدفاع التي يقودها شقيق الرئيس رفعت الأسد، فجاء جنود من السرايا يحملون رشاشاتهم وصرخوا في وجوه المعتقلين بأن"لا قائد إلا الزعيم رفعت"، ثم فتحوا نيران الرشاشات على كل من كانوا في المهجع وهم نحو 90 شخصًا، فقتلوهم جميعًا.