ذهب الرازي إلى الخليفة ينصحه ببناء المستشفى في هذا المكان، فأعجب الخليفة بذكائه، وأمر أشهر المهندسين، وأمهر البنائين بتشييدها وبنائها، حتى تمَّ البناء، فكان الرازي هو مدير ذلك المستشفى ورئيس أطبائه بتكليف من الخليفة، واعتاد الرازي أن يشرك تلاميذه في استشاراته الطبية، فكان يجلس في بهو المستشفى الكبير ومن حوله الأطباء أصحاب الخبرة في الدائرة القريبة منه، ثم الأطباء المبتدئون في الدائرة الخارجية، وعند حضور أحد المرضى يعرض حالته أولًا على المبتدئين، فإذا لم يستطيعوا معرفة نوع المرض، انتقل المريض إلى الدائرة الداخلية ليفحصه الأطباء المتمرسون، فإذا لم يعرفوا تشخيص حالة المريض، تولى الرازي بنفسه فحص المريض ومعالجته.

وكانت طريقة الرازي مميزة في العلاج إذ أنه كان يتعرف أولا على أعراض المرض في دقة وصبر، ثم يحصر الاحتمالات التي تشير إلى حقيقته، ثم يستبعد منها ما توحي خبرته وملاحظاته بضرورة استبعاده، فإذا عرف المرض وتأكد منه، وصف له العلاج، وتتبع حالة المريض، وكان النجاح يحالفه في أكثر الحالات التي عرضت عليه.

وكان الرازي دائمًا ينصح تلاميذه أن يساعدوا الفقراء بأن يعالجوهم مجانًا، ويعلمهم أن مهنتهم مهنة الرحمة بالضعفاء والمعذبين، وأن عليهم مساعدة مرضاهم على الشفاء بالكلمة الطيبة، وإحياء الأمل في نفوسهم ورفع روحهم المعنوية، كما كان ينصحهم بالمدوامة على القراءة والبحث والاطلاع في المراجع الطبية مهما بلغوا من العمر والخبرة، كما نصحهم بالتعفف عند الكشف على النساء، والالتزام بالشريعة الإسلامية السمحة، ونهاهم عن الكبر والخيلاء.