ومن أهم اختصاصات هذه الهيئة ما يلي:
-ـ دراسة ما تصدره هيئات الرقابة الشرعية وأجهزة الفتوى والاستشارة في البنوك والمؤسسات المالية الإسلامية الأعضاء بالاتحاد من فتاوى، وإبداء الرأي في مدى التزامها بأحكام الشريعة الإسلامية.
-ـ مراقبة أنشطة البنوك والمؤسسات المالية الإسلامية الأعضاء بالاتحاد للتأكد من التزامها بأحكام الشريعة الإسلامية وتنبيه الجهات المعنية بما قد يظهر في هذه الأنشطة من مخالفة لهذه الأحكام , وللهيئة في سبيل ممارسة هذا الاختصاص حق الإطلاع على قوانين ولوائح البنوك والمؤسسات المالية الإسلامية الأعضاء وعلى النماذج والعقود.
-ـ إبداء الرأي الشرعي في المسائل المصرفية والمالية التي تطلبها البنوك أو المؤسسات المالية الإسلامية الأعضاء بالاتحاد وهيئات الرقابة الشرعية بها أو الأمانة العامة للاتحاد.
-ـ النظر فيما تعرضه عليها الهيئات والمؤسسات المالية الإسلامية من أمور تتصل بالمعاملات المالية والمصرفية وإبداء الرأي الشرعي فيها.
-ـ تكون قرارات وفتاوى الهيئة ملزمة للبنوك والمؤسسات المالية الإسلامية الأعضاء بالاتحاد إذا صدرت بالإجماع، وللبنك أو المؤسسة العضو حق طلب إعادة العرض على الهيئة بمذكرة تفصيلية.
أما في حالة الاختلاف فلكل بنك أن يأخذ أي الرأيين ما لم تقرر الهيئة أن المصلحة تقتضى الإلزام.
-ـ التصدي لبيان الأحكام الشرعية للمسائل الاقتصادية التي جدت عليها وتقوم عليها مصالح ضرورية في البلاد الإسلامية.
ولقد ساهمت الهيئة العليا للفتوى والرقابة الشرعية في مساعدة المصارف الإسلامية الجديدة , وفى بث الثقة في أعمال المصارف الإسلامية، ولكن توقف نشاطها لأسباب معينة، وقامت كل مجموعة بنوك إسلامية بإنشاء هيئة للفتوى والرقابة الشرعية مثل مجموعة بنوك فيصل الإسلامية, ومجموعة بنك دله البركة الإسلامية، ومجموعة بنوك السودان الإسلامية وهكذا.