هو محمد بن محمد ربيع الظواهري بن محمد إبراهيم بن مصطفي بن عبد الكريم بن سويلم، الظواهري النفيعي، أبو أيمن المصري.
أما شرف الأصل فجدّه لأبيه الشيخ الظواهري بلغ مشيخة الأزهر وأبوه الأستاذ الدكتور محمد ربيع الظواهري رحمه الله كان أستاذًا لعلم الأدوية بكلية الطب جامعة عين شمس، وعمه الأستاذ الدكتور محمد الشافعي الظواهري رحمه الله من أعظم علماء الطب في العالم، وهو أستاذ الأمراض الجلدية بجامعة القاهرة ورئيس إتحاد أطباء الجلد العرب.
وأما بيت أمه فآل عزام الكرام الذي بلغ أحدهم وهو عبد الرحمن عزام أنه كان أول أمين عام لجامعة الدول العربية، وجده لأمه هو العلامة والأديب المشهور عبد الوهاب عزام رحمه الله من أشهر أدباء مصر، وهو أستاذ الآداب الشرقية وعميد كلية الآداب ورئيس جامعة القاهرة، وعضو مجمع اللغة العربية بالقاهرة عام 1949م.
وأما شقيقه وشيخه وأميره فهو حكيم الأمة الدكتور أيمن الظواهري حفظه الله وأمتع المسليمن بطول حياته.
تلك المكارم لا قعبان من لبن * شيبا بماء فعادا بعد أبوالا
ولد الشيخ حفظه الله في 1372 من هجرة نبينا محمد -صلى الله عليه وسلم- الموافق مارس 1953م، في مستشفى الدكتور مجدي، بمنطقة الدقي، بمحافظة الجيزة.
نشأ الشيخ نشأة إسلامية منذ صغره، وانضم وهو ما زال طالبا في كلية الهندسة إلى جماعة الجهاد بغية تحكيم شرع الله جل وعلا.
تخرج من كلية الهندسة، قسم معمار في 1974م، واتهم في قضية الجهاد عام 1984م، ولكن نجاه الله جل وعلا، وسافر عدة مراتٍ لأفغانستان للمشاركة في الجهاد.
طلب العلم على عدد من أهل العلم منهم الشيخ عبد المحسن العباد رئيس الجامعة الإسلامية سابقا، والشيخ سفر الحوالي، درس معه شرح العقيدة الطحاوية، والشيخ خربوش الإمام بالحرم النبوي، والذي كان يدرس سنن أبي داود بسند متصل في حلقته بالمسجد النبوي بعد صلاة الفجر، والشيخ محمد أمين الهرري الأثيوبي.