نجد كثيرا من المكتبات والبرامج العلمية تعتمد على قواعد البيانات والانظمة التقليدية، فكثيرا من المعلومات تغيب عن المستخدم إذا أراد البحث عنها، مثال لو أخطأ في حرف أو في كلمة فمن الصعب أن يجد غايته في البحث، ولكن بنظام قواعد المعرفة يمكن الوصول إلى المعلومة بالمعنى او بالجذر او بالوصف او بغيرها من القواعد المتبعة في هذا المجال.
عدم إمكانية تطوير برامج المكتبات أو توسيعها بفعالية، فغالبها يكون مكلفا ماديا وبشريا ويستغرق وقت طويلا للتطوير أو التحديث، أما نظام قواعد المعرفة فمجال التحديث والتطوير فيها واسع وفعال، بل كلما استخدمت المكتبة التي تعتمد على قواعد المعرفة بالبحث زادت تطورا أكثر.
ومن المشكلات التي تطرأ على برامج المكتبات الخاصة بالقرآن الكريم وعلومه الحالية ثقل وعدم دقة البحث فيها وذلك لعدم وجود آليات تقنية لربط العلوم بعضها ببعض، أما قاعد المعرفة المقترحة فهي كالجسم الواحد جوهره القرآن الكريم وفروعه سائر العلوم ذات العلاقة.