تعاني المشروعات الصغيرة من مشكلات متعددة, وإن بعض هذه المشكلات ناجمة عن المشكلات التي يعاني منها المجتمع الذي يحتضن هذه المشروعات سواء ما يتعلق بانخفاض الناتج المحلي الإجمالي, وضعف ميل الأفراد للادخار والاستثمار, وشح الموارد المحلية إضافة إلى مشكلات أخرى متفرقة.

ويمكن تصنيف المشكلات التي تؤثر في المشروعات الصغيرة ضمن مجموعتين ترتبط المجموعة الأولى بالأوضاع السياسية والاقتصادية والاجتماعية التي يمر بها المجتمع ولذلك يصعب تغييرها من قبل إدارة المشروع وهي مجموعة المشكلات الخارجية. أما الثانية فهي مشكلات داخلية وترتبط بالتوجهات العامة لسياسات المشروع ويمكن معالجتها من قبل إدارة المشروع. وسوف نسلط القليل من الضوء على بعض هذه المشكلات:

1 -التمويل: وهي في مقدمة المشاكل التي تواجهها هذه المشروعات, إذ أن صغر حجم المشروع يجعل من الصعب حصوله على القروض المصرفية لأسباب عديدة منها ارتفاع درجة المخاطرة وعدم وجود ضمانات كافية لدى أصحاب تلك المشروعات, فضلًا عن انعدام الوعي المصرفي وعدم توفر السجلات المحاسبية التي توضح المركز المالي للمشروع والتنبؤ بمستقبله.

2 -المواد الأولية: تأتي صعوبة الحصول على المواد الأولية بسبب اعتماد تلك المشروعات على المواد الأولية المستوردة فضلًاعن المحلية بسبب إنتاجها لسلع بديلة عن السلع المستوردة, وتتضح هذه المشكلة عند ارتفاع أسعار المستوردات فيصعب على هذه المشروعات الحصول على كميات كبيرة,

3 -العمالة الماهرة: يعتبر العنصر البشري أحد أهم عناصر الإنتاج ولذلك فإن نقص العمالة الماهرة هو من أهم المعوقات التي تواجه المشروع الصغير, إذ لايمكن تجاوزها بسهولة مع أن إدارتها من قبل أصحابها في أغلب الأحيان, ويعود سبب عدم وفرة العمالة الماهرة إلى تفضيل العاملين العمل في المشروعات الكبيرة والمشروعات الحكومية لوجود بعض الإمتيازات كالتقاعد والضمان الاجتماعي والصحي ....

4 -الكفاءات الإدارية والفنية: تعد الإدارة العلمية مفتاحًا لنجاح العمل, وتفتقر المشروعات الصغيرة للإدارة الصحيحة والخبرة في العديد من المجالات كالأعمال المحاسبية والتسويقية والتنظيمية والتخزينية.

5 -التسويق: يعتمد حجم الإنتاج على سعة الأسواق المحلية وهناك عوامل معينة تتحكم في قدرة الأسواق على استيعاب كامل السلع مثل عدد السكان, ودخول الأفراد, والسلع المنافسة وهذه الأمور غائبة عن اهتمام المشروعات الصغيرة إضافة لعدم معرفتها بوسائل التسويق والترويج, واعتمادها على الوسطاء في تصريف منتجاتها.

6 -الانتماء: تعاني المشروعات الصغيرة من عدم وجود جهة معينة تهتم بشؤونها وقد يكون سبب ذلك سعة انتشارها وتباعد أمكنتها وصعوبة جمعها تحت جهة معينة, وهذا يحرمها في الكثير من الأحيان من الحصول على الإمتيازات والتسهيلات لا بل أن مزاحمة المشروعات الكبيرة لها يجعلها عرضة للمطاردة والإغلاق والترحيل.