العاصمة الروسية"بطرسبرج"كما كانت تسمى ، أربع سنوات ، ومكث قليلًا في ميونيخ ( بألمانيا ) حيث التقى بشاه إيران"ناصر الدين"ودعاه هذا إلى بلاده ، فسافر إلى إيران ثم ضيق عليه ، فاعتكف في أحد المساجد سبعة أشهر ، كان في خلالها يكتب إلى الصحف مبينًا مساوئ الشاه ، محرضًا على خلعه وخرج إلى أوربا ونزل بلندن فدعاه"السلطان عبدالحميد إلى الآستانة ، فذهب وقابله ، وطلب منه السلطان أن يكف عن التعرض للشاه ، فأطاع وعلم السلطان بعد ذلك أنه قابل"عباس حلمي"الخديوي ، فعاتبه قائلًا:"أتريد أن تجعلها عباسية ؟ ومرض بعد هذا بالسرطان ، في فكه ، ويقال: دس له السم وتوفى بالآستانة ونقل رفاته إلى بلاد الأفغان سنة 1363 وكان عارفًا باللغات العربية والأفغانية والفارسية والسنكريتية والتركية ، وتعلم الفرنسية والانجليزية والروسية ، وإذا تكلم بالعربية فلغته الفصحى له"تاريخ الأفغان - ط"و"رسالة الرد على الدهريين - ط"ترجمها إلى العربية تلميذه الشيخ محمد عبده وجمع محمد باشا المخزومي كثيرًا من آرائه في كتاب"خاطرات جمال الدين الأفغاني - ط"ولمحمد سلام مذكور كتاب"جمال الدين الأفغاني باعث النهضة الفكرية في الشرق - ط"في سيرته .

وقد اختلف الناس في حقيقة الأفغاني ، بين مدافع عنه ، وبين فاضح له ومن الذين كتبوا في ذلك:

1-دعوة جمال الدين الأفغاني في ميزان الإسلام لمصطفى غزال وهي رسالة علمية بإشراف د 0 محمود الطحان .

2-جمال الدين الأفغاني المفترى عليه د 0 محمد عمارة .

3-حقيقة جمال الدين الأفغاني د 0 عبد النعيم حسنين .

وقد بين مصطفى غزال في رسالته ان دعوة الأفغاني هي:

1-دعوة سياسية .

2-دعوة إلى التفرنج باسم التجديد .

3-دعوة ظاهرها الإسلام وباطنها الزندقة .

4-دعوة إلى التحرر والإنحلال من القيود الشرعية .

5-دعوة إلى إتحاد فيدرالي باسم الجامعة الاسمية .

6-دعوة إلى توحيد الأديان الثلاثة .