البناء الحالي للمسجد يرجع إلى عهد السلطان عبد المجيد الأول العثماني في عام 1266 هـ / 1849م، والمسجد من المباني المركزية مربع المسقط، ويصل ارتفاع القبة من الداخل حوالي 12 مترًا، والحوائط مقامة من الحجر البازلت بسمك حوالي 50ر1م2، وكان في الجهة الشمالية جزءًا مكشوفًا، وقد غطي في الفترة الأخيرة بسقف أثناء ترميم المسجد، وسوره الخارجي متوج بشرفات مورقة بسيطة، ومئذنته في ركن السور بالجهة الشمالية الغربية، وتليها ثلاث دورات للمياه و (17) أماكن الضوء، والمساحة الإجمالية للمسجد (335م2) ومدخله في الجهة الشمالية. وعلى يمين المدخل لوحة مثبتة مكتوب عليها: وزارة الحج الأوقاف، أوقاف المدينة المنورة - مسجد سيدنا رضي الله عنه، 26.

وقد تم ترميمه في سنة 1411هـ كما هو مسجل في اللوحة المثبتة علي يسار المدخل مكتوب عليها: (( بسم الله الرحمن الرحيم، مسجد سيدنا عمر بن الخطاب رضي الله عنه، تم ترميمه وتجديده في عهد خادم الحرمين الشريفين الملك فهد بن عبدالعزيز آل سعود في سنة 1411 هـ ) ).

ذكره السمهودي (المتوفي 911 هـ) من غير تسمية بمسجد عمر، لكنه لم يذكر ما يثبت نسبته إلى أمير المؤمنين عمر رضي الله عنه، وأفاد أن الشيخ شمس الدين محمد بن أحمد السلاوي أحدثه بعد الخمسين وثمانمائة من الهجرة (1) .

(1) وفاء الوفا (3/ 858) .