وقد قمنا بإعداد فهارس علمية للكتاب تتمثل فيما يلي:
* فهرس الآيات والقراءات.
* فهرس أطراف الأحاديث المرفوعة.
* فهرس الرواة الذين ترجم لهم العقيلي، مرتبين حسب ورودهم في الكتاب، وحسب حروف المعجم، مع ذكرأقوال الإمام العقيلي فيهم.
* فهرس خاص بالرواة المتكلم فيهم بجرح أو تعديل عرضًا في غير مظنتهم أثناء التراجم.
* الفهرس الموضوعي.