وبما أن الجامعة تعد إحدى المؤسسات التعليمية المتميزة في دراساتها الدينية والعلمية التي تقوم على التربية الإسلامية، فهي تسعى لأن يصل عدد طلابها إلى عشرة آلاف لتكون جامعة متمكنة في كل المجالات العلمية التي تقدمها، ولكي تخرج أجيالًا من الدارسين متمكنين من اللغة العربية والإنجليزية في جميع ميادين العلوم، وذلك ليتم الاعتراف بها كجامعة رصينة، في داخل البلاد وخارجها، مواكبة لأهداف الحكومة في إنشاء المراكز العلمية في البلاد.

4.... أهداف الجامعة

تفتح جامعة العلوم الإسلامية الماليزية مجالًا رحبًا لطلبة المدارس الدينية لمواصلة دراستهم ورفع مستواهم العلمي، فقد وضعت لها جملة من الأهداف لتحقيق هذا المطلب منها:

الارتقاء بالتربية الإسلامية وتفعيلها في المجتمع لكونها من الاهتمامات الأساسية للحكومة المركزية في البلاد.

تمكين الطلبة الخريجين منها من التوفيق بين النظرية والتطبيق في كل المجالات العلمية.

إعداد قيادات فكرية وعلمية متشبعة بالتربية الإسلامية المتكاملة قادرة على قيادة المجتمع الماليزي نحو التنمية الوطنية الشاملة.

إحياء ودراسة التراث الإسلامي والعلوم الإسلامية بما يتلائم ومتطلبات العصر الحديث.