تأثر منهج ديكارت تأثرا عميقا بدراساته الرياضية في صدر شبابه, وانعكس ذلك بصفة خاصة في كتابيه"القواعد لتوجيه العقل"وفيه شرح لمنهجه بالتفصيل، ثم"المقال عن المنهج"وهو تلخيص للكتاب الأول. والمنهج كما يراه هو"قواعد وثيقة سهلة تمنع مراعاتها الدقيقة من أن يؤخذ الباطل على أنه حق، ويبلغ بالنفس إلى المعرفة الصحيحة بكل الأشياء التي نستطيع إدراكها, دون أن نضيع في جهود غير نافعة".

أقام ديكارت منهجه على أساسين, هما:

الحدس والاستنباط العقلي, وهو يعني بالحدس انتقال الذهن انتقالا سريعا مباشرا من معلوم"يقيني"إلى مجهول. فهو نور فطري يمكن الإنسان من إدراك الأفكار البسيطة والحقائق الثابتة والروابط بين قضية وأخرى إدراكا مباشرا -بغير وسيط من عقل أو تجريب- وفي نفس الوقت وليس على التعاقب. أما الاستنباط العقلي فمرحلة تالية للحدس, وهو حركة ذهنية نستنتج بها شيئا مجهولا من شيء