رحل في صغره إلى المدينة المنورة وأقام بها مدة في طلب العلم وخدمته حتَّى برع وفاق، ثم رحل إلى مصر وتونس والقيروان والجزائر وفاس ومراكش والصويرة وآسفى والرباط ومكناسة الزيتون وبها كانت منيته كما يأتي، ووقفت في دفتر مرسى ثغر الصويرة على ظهير حسنى لأمنائها نصه بعد الحمدلة والصلاة والطائع:
"خدامنا الأرضين، أمناء مرسى الصويرة المحروسة بالله، وفقكم الله وسلام عليكم ورحمة الله."
وبعد: فنأمركم أن تركبوا الطالب محمد بن خليفة المدني مع صاحب له واصلين للإسكندرية من غير كراء يلزمهما، والسلام في 7 شعبان عام 1308"، وقد ذكر في فصل الصوائر المختلفة من باب الصائر من الدفتر المذكور المبلغ الَّذي أرْكِبَا بِهِ"الفقيه الشريف محمد خليفة مع صاحبه بريال 40"."
مشيخته: أخذ بالمدينة عن الشيخ أبي خضير الدمياطى المدني، وأبى حفص عمر بن إبراهيم برى المدني، والمفتى محمد بن عمر بالى المدني الحنفى، والسيد جعفر البرزنجى، وأبى المحاسن محمد بن خليل الطرابلسى.
وبمكة عن الشهاب دحلان، والشيخ محمد حقى النازلى، صاحب خزينة الأسرار والشيخ رحمة الله الهندى صاحب إظهار الحق.
وأخذ بمصر عن الشيخ عبد الهادى الأبيارى، والشمس الأنبانى، والشيخ إسماعيل الحامدى وغيرهم.
وبالقيروان عن الشيخ الصدام، والشيخ محمد بهاها الصغير.
وبتونس عن الشيخ سالم بو حاجب المتوفى في الرابع عشر من رجب عام اثنين وأربعين وثلاثمائة وألف، والشيخ الطيب النيفر المتوفى في رجب عام أربعين وثلاثمائة وألف، والشيخ الطاهر جعفر.