وابتلي الإمام سنة 1337 هـ برمل في المثانة فلم يهتم به، وظن أنه عرض لا يلبث أن يزول، فزال كما كان يظن ألمه ولكن أثره لم يزل كامنًا فيه والرمل يتراكم شيئًا فشيئًا حتى سد المجرى، فثارت ثائرته بعد مرور عامين عليه وأذاقته الأمرين ففزع إلى الأطباء عسى أن يخففوا بعض آلامه حتى إذا لم يجد منهم خيرًا واحتمل هذا الداء الوبيل بالصبر الجميل إلى أن هان عليه وسكنت ثائرته إلا أنه كان يتعوذ من النكسة بعد البلة ويحذر منه أن يعود، وما هي إلا بضع سنين استراح من لأوائه فهجم عليه في أواخر عام 1341 هـ على حين غفلة منه، فأصيب في أول الثلث الأخير من شهر رمضان سنة 1342 هـ بذات الرئة، فشعر بالموت وأخبر أنه ضيف عند الآل والأصحاب ولبث ثلاثة عشر يوما يقاسي الآلام والمرض يزداد يومًا فيومًا حتى دعاه داعي الموت فتوفاه الله عند أذان ظهر في اليوم الرابع من شوال ودفن في مقبرة الشيخ الجنيد البغدادي في الكرخ.