الحمد لله، والصلاة والسلام على رسول الله، وعلى آله، وصحبه، أما بعد:

فأمير المدينة الذي استخلفه النبي صلى الله عليه وسلم عليها في غزوة تبوك، هو علي بن أبي طالب -رضي الله عنه- على الراجح؛ لما جاء في الصحيحين وغيرهما عَنْ مُصْعَبِ بْنِ سَعْدٍ، عَنْ أَبِيهِ، أَنَّ رَسُولَ اللَّهِ صَلَّى اللهُ عَلَيْهِ وَسَلَّمَ خَرَجَ إِلَى تَبُوكَ، وَاسْتَخْلَفَ عَلِيًّا، فَقَالَ: أَتُخَلِّفُنِي فِي الصِّبْيَانِ وَالنِّسَاءِ؟ قَالَ: «أَلاَ تَرْضَى أَنْ تَكُونَ مِنِّي بِمَنْزِلَةِ هَارُونَ مِنْ مُوسَى؛ إِلَّا أَنَّهُ لَيْسَ نَبِيٌّ بَعْدِي» وزاد أحمد: "قَالَ -علي- رَضِيتُ، رَضِيتُ. ثُمَّ قَالَ: بَلَى، بَلَى.."

فقد تركه النبي صلى الله عليه وسلم أميرا على مَن بقي في المدينة من الناس، كعادته صلى الله عليه وسلم إذا خرج منها، وأكثر من بقي فيها هم من النساء والصبيان؛ لذلك قال علي: أتخلفني في الصبيان، والنساء.
وقيل إنه استخلف عليها محمد بن مسلمة الأنصاري، وقيل: سباع بن عرفطة الغفاري، وقيل ابن أم مكتوم. والصحيح أنه خلف عليها عليا -رضي الله عنه- كما أشرنا، وهو ما رجحه ابن عبد البر وغيره.

  جاء في المواهب اللدنية للقسطلاني: قال الحافظ زين الدين العراقي، في ترجمة علي بن أبي طالب، من شرح التقريب: لم يتخلف عن المشاهد إلا تبوك، فإن النبي صلى الله عليه وسلم خلفه على المدينة، وعلى عياله، وقال له يومئذ: «أنت منى بمنزلة هارون من موسى، إلا أنه لا نبي بعدي» وهو في الصحيحين من حديث سعد بن أبي وقاص.. ورجحه ابن عبد البر. اهـ.

والخلاصة أن أهل العلم قد اختلفوا فيمن خلفه النبي صلى الله عليه وسلم أميرا على المدينة في غزوة تبوك، والصحيح أنه علي بن أبي طالب رضي الله عنه. 
 والله أعلم.