لويس في إنكاره جريمة الإبادة الجماعية بالبني المنطقية التي استخدمها إيرنست نولت في إنكاره جرائم الهولوكوست.

ما من دليل على قرار بارتكاب مجزرة. بالعکس، ثمة أدلة وافرة، لم تكن ناجحة على محاولات منع وقوعها. أجل، ثمة مجازر هائلة، وأعداد الضحايا غير مؤكدة، إلا أن رقم المليون يبدو محتملا جدا .... و المسألة ليست عما إذا كانت المجازر قد وقعت أم لا، بل هي عما إذا كانت المجازر نتيجة لقرار مقصود سلفة، اتخذته الحكومة التركية .. ما من دليل على هكذا قرار

وصرح لويس بأنه يعتقد أن جعل لابادة الأرمن) توازي الهولوكوست الألماني) أمر غير معقول). وفي لقاء مع صحيفة ها آرتز قال:

لدى منكري الهولوكوست غرض: إطالة عمر النازية، والعودة إلى شريعتها. لا أحد يريد عودة"تركيا الجديدة إلى الوراء، ولا أحد يرغب بالعودة إلى القوانين العثمانية. ما الذي پريده الأرمن؟ يريد الأرمن الإفادة من العالمين. فهم - من جهة - يتحدثون بفخر عن نضالهم ضد الاستبداد العثماني، فيما يقارنون - من جهة أخرى - مأساتهم بهولوكوست اليهود. أنا لا أقبل بهذا، لا أقول إن الأرمن لم يعانون معاناة رهيبة. غير أني أجد من الأسباب ما يقنعني بعد محاولاتهم في استخدام المجازر الأرمنية للتقليل من أهمية هولوكوست اليهود، والإشارة إليها، بصفتها خلافة عرقية، لا إبادة للجنس البشري. المواقف والتأثيرات على السياسات المعاصرة"

ابرز لويس في أواسط الستينيات معلقة على أمور الشرق الوسط الحديث، وقد منحثه تحليلاته للنزاع الإسرائيلي الفلسطيني وظهور الميليشيات الإسلامية شعبية واسعة، وأصبح شخصية محل جدل كبير. وقد وصفه المؤرخ الأميركي جويل بينن Joel Beinin بأنه"ربما كان الصهيوني المتعلم المفوه الذي يدافع عبر لجنة الشرق الأوسط في أميركا الشمالية عن الأكاديميين". وتتمتع نصائح لويس السياسية، بوزن