أجواء يقظة هجمات 11 أيلول 2001 استعادت أعمال لويس بريقها، وجذبت إليها الأنظار، لا سيما مقالته التي نشرت عام 1990"The Roots of Muslim Rage: جذور الغضب عند المسلمين"، ونشرت له ثلاثة أعمال بعد 11 أيلول: What went wrong: ما الخطأ الذي حدث (گنبت قبل الهجمات الذي يستجلي أسباب خشية العالم الإسلامي (وعدوانيته غير المحقة أحيانا من الحداثة، و The Crisis of Islam: أزمة الإسلام و

وصفت الطبعتان الأوليتان من کتاب لويس The Emergence of Modern Turkey ظهور تركيا الحديثة (1961 و 1968) المجازر الأميركية في الحرب العالمية الأولى على أنها"إبادة 1915 المروعة؛ حيث حق مليون ونصف المليون من الأرمن". غير هذا النص في طبعات لاحقة إلى"مجزرة 1915 المروعة؛ حيث محق - استنادا إلى بعض التخمينات- ما يزيد على مليون أرمني، وعدد غير معروف من الأتراك". كان لويس في وقت لاحق. واحدة من 69 عالم، وقعوا عام 1985 على عريضة، تطالب الكونغرس الأميركي بتجنب التوقيع على قرار، يندد بالأحداث، بوصفها"إبادة جماعية".

أثار تغيير لويس مقطعه الوصفي للمجازر الأرمنية وتوقيعه على العريضة المناهضة القرار الكونغرس جدلا حادا في بعض أوساط المؤرخين والصحفيين الذين رأوا في ذلك أن لويس كان معنية باعادة كتابة التاريخ خدمة لمصالحه السياسية والشخصية. كان النص الأصل قد أثار - أصلا - عاصفة من النقد لما يعتقد المؤرخون أنه مبالغة في اتحاد الأرمن وقوتهم:

يذهب"لويس"إلى التلميح إلى أن كلا الطرفين كانا يتمتعان بقوة سياسية وعسكرية متكافئة في إمرته للدفاع عن مصالحهما. في حين أن الحقيقة أن الأرمن لم تكن لديهم لا شرطة، ولا أي جيش"."

وفي وقت لاحق، دعالويس عنوان"إبادة الجنس البشري"على أنه"النسخة الأميركية من هذا التاريخ"، وذلك في مقال له، نشرته صحيفة لوموند في