1.تواجه المراكز البحثية بعض المشكلات والتحديات المادية والمعنوية، منها ما يكون من داخلها وبعضها خارج عن إرادتها.

2.أغلب المشكلات الإدارية التي تواجه المراكز تكمن في عدم الاستقلالية إداريًا وماليًا.

3.كثرة الأمور الإدارية المطلوبة من المركز أدَّت إلى ضياع كثير من الجهود والوقت في متابعتها وترتيبها.

4.ينبغي على المراكز البحثية إنشاء وحدة متابعة وتفتيش تعنى بمتابعة إنجازات المركز وتحقيق أهدافه ضمن جدول زمني محدَّد.

5.تنقص بعض المراكز البحثية الخبرة والتدريب وتفريغ المختصين، ممَّا أدَّى إلى ضعف نتاجها وعطائها، وعدم تحقيق أهدافها.

6.يعدُّ مركز البحوث الإسلامية في الجمهورية التركية المركز البحثي الرسمي الوحيد الذي يُعنى بتقديم خدماته للباحثين والمختصين، وتقديم الخدمات للدفاع عن الإسلام والمسلمين، ممَّا يجعل الضغط والعبء عليه كبيرًا في دولة يبلغ عدد سكانها ما يقارب 75 مليون نسمة، ونسبة الإسلام فيها 98%، مع وجود بعض الفرق والطوائف المتعددة.

7.لا يوجد في تركيا سوى مركزان للبحوث والدراسات الإسلامية، هما مركز البحوث الإسلامية (isam) في إسطنبول وله فرع واحد في إسطنبول، ومركز البحوث العلمية والفكرية (ifam) وهو مركز خاص له خمسة فروع في نواحي تركيا.

8.تفتقر الجمهورية التركية للمراكز البحثية الإسلامية نظرًا لاتِّساع رقعتها ووجود 81 محافظة فيها، وتعداد سكانها الذي تجاوز 70 مليون نسمة، ويزوره سنويًا ما يزيد على 40 مليون سائح من شتى جنسيات العالم.

9.إنَّ الهجمة الفكرية من الفرق الضالة والأشخاص الذين يشيعونها، تحتاج إلى دفاع فكريِّ منظم، يقوم عليه الباحثون المختصون، ثمَّ نشر جهودهم عبر الوسائل المعرفية والقنوات المتاحة، لتوصيلها إلى أكبر عدد ممكن من الناس.

10.على المراكز البحثية السعي لإنشاء رابطة أو جمعية تضمُّ فيها عضوية المراكز البحثية في العالم الإسلامي، لتبادل الخبرات والكفاءات فيما بينها، وباء جسور التواصل بين هذه المراكز.