تعرض بعدها لنفس التهمة من قبل علماء الأزهر وعلى رأسهم الشيخ"عليش"لدى وصوله لمصر وانتقد سيرته الشخصية وحاشيته التي تضم اليهود والنصارى ولباسه الأوروبي وتدخينه للسيجار فضلا عن اختباره المركز نشاطه في إحدى البارات (1) .
وحكي عنه"محمد عبده"وبعض خاصته أنه كان متصوفا يدين بعقيدة متصوفة مبهمة وغامضة تنتهي بوحدة الوجود والتعبير عنها يلتبس إلا على الخاصة مما أدى لرميه بالإلحاد (2) .
والأفغاني أول من روج فكرة"اشتراكية الإسلام وقارن بينها وبين اشتراكية الغرب كما أنه قال:"لا مانع عندي من السيفور"إذا لم يؤد إلى الفجور، ودعا إلى التأويل إذا خالفت النصوص الدينية بعض الحقائق العلمية (3) "
1 --موفق بني مرجه؛ محوة الرجل المريض ص 341
2 -موفق بني مرجه: صحوة الرجل المريض ص 342
3 -موفق بني مرجه: صحوة الرجل المريض ص 342