فما لبثت أن ارتقت إلى مصاف العلماء، تمعن النظر وتحقق وتبدي ملاحظاتها في مصنفات فحول الفقهاء والمحدثين، ولها في هذا المقام تعليقات على «الإصابة في تمييز الصحابة» لابن حجر العسقلاني، يقول أكنسوس: «وخناثة هذه هي أم السلاطين أعزهم الله، وكانت صالحة عابدة عالمة حصلت العلوم في كفالة والدها الشيخ بكار ... رأيت خطها على هامش نسخة من الإصابة لابن حجر وعرف به بعضهم فقال هذا خط السيدة خناثة أم السلاطين» والحق أن صورة خناثة لا تكتمل في أذهاننا واضحة المعالم ما لم نلق نظرة على وضع المغرب في أول عهدها بالدنيا وأثرها في تغييره، فهي فتحت عينيها على وطن ممزق يموج بالفتن تعقب فيه الثورةُ التمرّدَ، وتلي الحربُ فترات السلم المتقطعة، وكأن الهدوء لا يعم أرجاء البلاد إلا ليعد كل طرف من الخصوم عدته لمعارك أشد ضراوة من سابقتها، وظروف اقترانها بالسلطان إسماعيل العلوي نفسها لم تخل من آثار هذه الفتن الهوجاء. جاء في الاستقصا أن السلطان حين جرد حملته على تخوم السودان وشنقيط وطاطا قدمت عليه وفود العرب من أهل الساحل والقبلة ودليم والمغاورة وغيرهم فأدوا فروض الولاء والطاعة، وكان منهم الشيخ بكار المغافري، الذي أهدى خناثة للسلطان عام 1089ه، وكأن الأمر يتعلق بصفقة سياسية تضمن للشيخ بكار الحفاظ على مكانته في قبيلته بعد أن قويت شوكة السلطان إسماعيل العلوي، وامتد نفوذه في كل الاتجاهات فهو عقد تحالف سياسي في طي عقد نكاح.

انتقلت خناثة من بيتها إلى قصر السلطان الذي كان يعج عن آخره بالحريم السلطاني حيث فاق عدد نسائه الخمسمائة، لكنها ليست كغيرها من النساء إذ سرعان ما بزغ نجمها في سماء القصر فحظيت لدى السلطان