ومنها ما يشغله عنه بجدل المتكلمين، وتخريجات الأصوليين، واستنباط الفقهاء المقلّدين، وتأويلات المتصوّفين، وتعصّب المذاهب والفرق بعضها على بعض، وبعضها يلفته عنه بكثرة الروايات، وما مزجت به من خرافات الإسرائيليّات، وقد زاد الفخر الرازي صارفًا آخر عن القرآن هو ما يورده في تفسيره من العلوم الرياضيّة، والطبيعيّة، وغيرها من العلوم الحادثة في الملّة على ما كانت عليه في عهده كالهيئة الفلكيّة اليونانيّة وغيرها، فكانت الحاجة إلى تفسير تتوجه العناية الأولى فيه إلى هداية القرآن، على الذي يتفق مع الآيات الكريمة المنزّلة في وصفه، وما أنزل لأجله من الإنذار، والتبشير، والهداية، والإصلاح .

و من مؤلفاته أيضا:

1.مؤلفه الأول الذي دونه أثناء طلبه للعلم في الشام"الحكمة الشرعية في محاكمة القادرية والرفاعية".

2-المسلمون والقبط.

3-عقيدة الصلب والفداء.

4-تاريخ الأستاذ محمد عبده المصري ثلاث مجلدات (ط) سجل فيه زيادة على ذلك حياة مصر وتاريخها في ذلك العهد.

5-الوحي المحمدي (ط) .

6-الإسلام وأصول التشريع العام (ط) .

7-الخلافة (ط) .

8-الوهابيون والحجاز (ط) .

9-محاورات المصلح والمقلد (ط) .

10-ذكرى المولد النبوي (ط) .

11-شبهات النصارى وحجج الإسلام (ط) .

12-نداء الجنس اللطيف يوم المولد النبوي (ط) .

13-السنة والشيعة -كتيب صغير (ط) .

14-رسالة أبي حامد الغزالي.

15-المقصورة الرشيدية (قصيدة) .

16-حقيقة الربا. ( وللشيخ محمد بن إبراهيم مفتي الديار السعودية رحمه الله رسالة في الرد على رشيد رضا ، اسمها الروضة الندية في الرد على من أجاز المعاملات الربوية وهي رد على أحمد محمد محجوب وفتوى الربا والمعاملات في الإسلام( لرشيد رضا ) )

17-مساواة الرجل بالمرأة.