زادت على أربعين مصنفًا، من أشهرها كتاب (الشافي) في أربعة مجلدات، يتضمن الرد على صاحب الرسالة الخارقة، وكتاب (حديقة الحكمة النبوية في شرح الأربعين السيلقية) وعشرات الكتب والرسائل التي تضمها مكتبته التي طبع منها ما سلف ذكره، وتحت الطبع الكثير ضمن مشروع تحقيق وإخراج مكتبة هذا الإمام إلى النور، وقد تم بحمد الله الانتهاء من تحقيق أغلب كتب الإمام الذي يمثل الكتاب الذي بين يديك أولها وهي:

أولًا: المجموع المنصوري وسمي في مخطوطة آل الوزير الذي عثرنا عليها في هجرة السر باسم (العقد الثمين في تبيين أحكام الأئمة الهادين) .

والحقيقة أن (العقد الثمين) كتاب واحد من كتب المجموع المنصوري التي انتهينا من تحقيقها والتي ستصدر تباعًا ويشتمل على قرابة من خمسين كتاب ورسالة وبحث هي كالتالي:

1-كتاب العقد الثمين في تبيين أحكام الأئمة الهادين، وهو هذا الكتاب العظيم الذي بين يديك والذي يشتمل على تثبيت دعائم مذهب آل البيت والرد المفحم على من يحاول الانتماء إليهم وهو على غير طريقتهم في أهم الأصول.

2-كتاب الرسالة الهادية بالأدلة الباقية في بيان أحكام أهل الردة، وقد خصصه الإمام للكلام على المطرفية وأورد فيه الأسس والأحكام التي استند إليها في التعامل معهم، وفيه الكثير من المسائل التي تفسر تصرفات الإمام حيال هؤلاء.

3-كتاب الرسالة الموسومة بالدرة اليتيمة في تبيين أحكام السبا والغنيمة وهي جواب مسائل وردت من ناحية قطابر حول أحكام ديار الحرب والمحاربين الذين في دار الإسلام وبعض أحكام المجبرة والمشبهة، وتغيير المنكر وعدمه على حسب الأحوال، وبعض أحكام الردة وحوادث الارتداد في التأريخ الإسلامي، ثم مبررات وأحكام تكفير بعض الفرق وتبيين بعض ما جرى على آل البيت ـ عليهم السلام ـ إلى غير ذلك.