4-كتاب أجوبة مسائل تتضمن ذكر المطرفية وأحكامهم وغير ذلك من المسائل المتعلقة بالتعامل معهم وفيه يبين أحكام الذين بايعوا المشرقي واعتقاداتهم ويدلل على صحة سيرته فيهم ويرد على انتقادات المنتقدين حيال تصرفه معهم.

5-كتاب الجوهرة الشفافة رادعة الطوافة، وهو جواب على رسالة اسمها الطوافة وردت إلى اليمن فيها بعض الاستشكالات على بعض المسائل في أصول الدين وهي ثمانية وأربعون مسألة أجاب عليها الإمام بما يظهر علمه الغزير وعقليته الموسوعية.

6-كتاب جواب مسائل متفرقة مما سئل عنه، ويشتمل على عدد من المسائل في أصول الدين (العدل والتوحيد والنبوة والإمامة والشفاعة) وما يعرف بمسائل القرطاسين التي اشتملت إجاباته عليها على أربعة فصول:

الأول: الكلام في طريق الإمامة.

الثاني: في الدليل على صحة ما ذهب إليه في ذلك.

الثالث: في إبطال سائر ما يدعى طريقًا عليها غير ما ذهب إليه.

الرابع: الكلام في أحكام المخالفين ومنازلهم ثم بعض المسائل حول (قول الإمام حجة) وزواج آدم لبنيه والصحابة الذين تقدموا على علي ـ عليه السلام ـ والترضية على أبي بكر وعمر وبعض المسائل في الإجماع واختلاف أهل البيت.

7-كتاب تحقيق النبوة ومسائل أخرى ويشتمل على تحقيق مسألة النبوة، ثم مسائل أخرى في أن وجوب النظر مقدم على وجوب المعرفة، وفي الإحالة والتوحيد وفي الإحداث والخلق، وفي زكاة الأيتام وهي خمس مسائل صغيرة.

8-مسائل السلطان الأجل الحسن بن إسماعيل الذعفاني وهي ست مسائل في الجائز للإمام من بيت المال وأموال بيت المال المختلطة وإكراه الإمام لأحد على شيء من الأعمال وفي الخمس وفي إكراه العبيد على الصلاة وفي الأمر بالمعروف والنهي عن المنكر.