تهدف الرقابة على الأغذية في المقام الأول إلى إنتاج وتوفير الغذاء الصالح لتغذية الإنسان وحمايته من التلف الذاتي، ومن التلوث بأنواعه المختلفة مع استبعاد الأغذية غير الصالحة للاستهلاك الآدمي، أو الأغذية الضارة بالصحة، أو الأغذية المغشوشة، أو تلك التي انتهت فترة صلاحيتها للتسويق، حتى لا يكون أمام المستهلك العادي، معروضا في الأسواق أو مقدما له في المطاعم أو الفنادق، إلا الغذاءُ الآمنُ ذو الجودة العالية، وذلك لحماية صحته ولضمان حصوله على المقابل الكامل لما يدفعه ثمنا للغذاء.

كما أن للرقابة النشطة والمتكاملة على الأغذية انعكاسات أخرى اجتماعية واقتصادية، تتمثل في الإقلال من حالات الإصابة بالأمراض، وبالتالي من حالات التغيب عن العمل ومن تكاليف الرعاية الصحية، وتساعد في تحسين التغذية وفي تقليل الهدر من الأغذية. كما تساعد الرقابة في تنشيط التجارة المحلية والدولية للأغذية، وكذلك تنشيط السياحة، وذلك حين تتأكد البلدان المستوردة للغذاء، وكذلك المستهلك العادي أو السائح، أن صناعة وتداول الأغذية ومنتجاتها تتم في ظروف تتفق مع المعايير الدولية أو المحلية المقبولة.