تقوم وزارة الأوقاف والشؤون الإسلاميّة برعاية هذه الأوقاف وصيانتها والأخذ بأسباب مضاعفة غلالها والصرف على جهات البر والإحسان من غلالها ولبيوت الله في المملكة حقها من هذه الغلال وللجمعيات الخيرية وجمعيات تحفيظ القرآن نصيبها من الغلال بصفة مستمرة.
يقوم بإدارة هذه الأوقاف والتصرف فيها وفق المقتضى الشرعي بيعًا وشراءً وتأجيرًا ثلاث جهات إدارية وعلى مستويات تدرجية لكل جهة اختصاصها.
الجهة الأولى: إدارة الأوقاف في منطقة الوقف وهي الجهة ذات المبادرة الأولى في النظر المصلحي للوقف وذلك بالتقدم إلى مرجعها المباشر على سبيل الرأي والاقتراح كما أنها الجهة التنفيذية للقرارات والتعليمات الصادرة من جهات الاختصاص. وهي الجهة المباشرة لشؤون الأوقاف في منطقتها من حيث الرقابة والمتابعة والاستغلال والإصلاح والترميم والصرف على الجهات المعينة في وثائق الأوقاف. ولديها سجلات الأوقاف ووثائقها. وهي المسئولة عن مباشرة الدفاع عن الأوقاف واستحصال الوثائق المثبتة لوقفيتها عن طريق التقدم للمحاكم بأخذ حجج استحكام على تملكها ووقفها وتعيين جهات الصرف عليها من غلتها وذلك فيما ليس لدى الوزارة وثائق بوقفيتها غير وضع اليد عليها بدون معارض أو الاستفاضة في وقفيتها.
الجهة الثانية: في كل منطقة من مناطق المملكة مجلس للأوقاف يسمى المجلس الفرعي للأوقاف يتألف من مدير عام أوقاف المنطقة ومن مندوب من وزارة العدل بدرجة قاض ورئيس البلدية وثلاثة من أهل النظر والبصيرة من أهل المنطقة هذا المجلس يقوم بدراسة كل ما يتعلق بأوقاف المنطقة من حيث الإنشاء والتعمير والبيع والشراء والتأجير وإقامة الدعاوى على من يتعدي على أي وقف أو من يكون بيده وقف بطريق غير مشروع. تكون قراراته فيما يتعلق بالشؤون الإدارية والإصلاحية وتوجيه الدعاوى واجبة التنفيذ من قبل الإدارة العامة لهذه الأوقاف وأما ما يتعلق