المسائل التي يحصل فيها تنازع في الاختصاص بين المحاكم الشرعية والمحاكم المدنية تحال الي مجلس مؤلف من السكرتير القضائي رئيسًا له او مندوب يعين من قبله ، ومن قاضي القضاة أو موظف شرعي ، والنائب القضائي أو قاضي مدني ينتدبه النائب القضائي .

وقد عدل تشكيل هذه المحكمة بموجب المادة 80 من قانون الحكم الذاتي ، حيث أصبحت هذه المحكمة تتكون من رئيس القضاء رئيسًا ومن قاضي القضاة وقاضيين من قضاة المحكمة المدنية العليا وقاضي واحد من قضاة المحكمة الشرعية العليا .

وجاء الدستور المؤقت 1966م وعدل في المواد المذكورة أعلاه وذلك فيما يختص برئاسة المحكمة ، فبعد أن كانت هذه الرئاسة لرئيس القضاء ، وكان قاضي القضاة عضوًا بها فجاء التعديل الجديد وجعل الرئاسة دورية بينهما ، فتنص المادة 99/1 ومن الدستور المعدل 1966 علي أنه: في حالة تنازع الاختصاص بين قسم القضاء المدني وقسم القضاء الشرعي يحال النزاع لاتخاذ قرار بشأنه إلى محكمة اختصاص تتكون من رئيس محكمة الاستئناف المدنية العليا ورئيس محكمة الاستئناف الشرعية العليا وعضو من كل من هاتين المحكمتين علي أن تكون الرئاسة دورية بين رئيس المحكمتين .

وقد كان تشكيل المحكمة قبل هذا التعديل يجعل أعضاءها خمسة .

ولما كان عدد أعضاء المحكمة قد اصبح بعد التعديل أربعة بدلًا من خمسة فقد نصت المادة 99/2 علي أن: تجيز المحكمة قراراتها بأغلبية الأصوات وفي حالة تعادل الأصوات يكون لرئيس الدورة صوت مرجح .

ثانيًا: قانون المحاكم الشرعية لسنة 1967:

صدر هذا القانون بالأمر المؤقت رقم 16 لسنة 1967 عملًا بأحكام المادة 67 من دستور السودان المؤقت المعدل سنة 1964م .

ويشترك القانون في بيان أنواع المحاكم الشرعية وتحديد اختصاصها ، ولكن القانون الجديد قد عدل الاختصاصات الواردة في القانون القديم وزاد عليها اختصاصات جديدة وهي علي النحو الآتي:

1.اختصاصات المحاكم الشرعية المعدلة: