حكم الخميني على الحكومات الاسلامبة ينسحب على قضاتها ، ويعتبر أن من يتحاكم إليهم في حق أو باطل إنما يتحاكم إلى الطاغوت فيورد في هذا الأمر حديثا عن الكليني صاحب كتاب الكافي والمسمى عندهم بثقة الإسلام . وهذا الحديث تقوم في اعتقاد الشيعة وعلى رأسهم الخميني لقضاة أفضل القرون وإليك النص:

"محمد يعقوب عن عمر بن حنظلة قال: سألت أبا عبد الله (36) عن رجلين من أصحابنا بينهما منارعة في دين أو ميراث وتحاكما إلى السلطان وإلى القضاة أيحل ذلك ؟؟ قال: س تحاكم إاليهم قي حق أو باطل فإنما تحاكم إلى الطاغوت وما يحكم له فإنما يأخده سحتا وإن كان حقا ثابتا له لأنه أخذه بحكم الطاغوت وما أمر الله إلا أن نكفر به قال تعالى: (( يريدون أن يتحاكموا إلى الطاغوت وقد أمروا أن يكفروا به ) )قلت كيف يصنعان ؟ قال: ينظران من كان منكم ممن قد روى حديثنا ونظر في حلالنا وحرامنا وعرف أحكامنا فليرضوا به حكما فإني فد جعلته عليكم حاكما".

وبعد إيراد الخميني لهذا الخبر يؤكد عليه بقوله"الإمام عليه السلام"

(36) هو جعفر بن محمد الصادق (80-148) رحمه الله تعالى ينسب إليه الشيعة كل خرافات مقالاتهم حتى أنهم لما رأوا الجاحظ العتزلي يتوسع في التصانيف ويصنف لكل فريق قالت له الشيعة: صنف لنا كتابا فقال لهم: لست أدري لكم شبهة حتى أرتبها وأتصرف فيها فقالوا له إذا دللتنا على شيء نتمسك به . فقال: لا أدري لكم وجها: إلا إنكم إذا أردتم شيئا مما تزعمونه: تقولون: إنه قول جعفر الصادق. لا أعرف لكم سببا تستندون إليه غير هذا الكلام فتمسكوا بحمقهم فكلما أرادوا أن يختلقوا بدعة نسبوها إلى ذلك السيد جعفر. وهو عنها منزه . ومنها بريء راجع التبصير (ص 24) .