وتعتبر هذه القضية من أهم وأخطر القضايا التي يتعرض لها التيار الإسلامي علي يد المؤسسة العسكرية .. وتتضمن عمليات الحظر المتكرر للأحزاب السياسية وخاصة الإسلامية، وتقييد حرية العمل السياسي، وتعرض الزعماء السياسيين الإسلاميين لأحكام السجن والحرمان من الحقوق السياسية والمدنية .. ويري الإسلاميون أن التزام تركيا بمعايير الاتحاد الأوروبي وخاصة معيار الديمقراطية يضمن لهم تقليل وتحجيم سلطان العسكر وسطوتهم وصلاحياتهم في ذلك الأمر.

قضية أسلمة الوظائف العامة بالدولة

وهذه قضية خلاف جوهرية بين الطرفين.. فالجيش يملك حق التدخل في اختيار وعزل المسئولين والموظفين الذين تعينهم الحكومة من بين أعضاء الأحزاب الإسلامية بدعوي أنهم رجعيون ويهددون العلمانية الأتاتوركية .. وتري الحكومة الإسلامية أن حل هذه القضية أيضًا سيتم من خلال الالتزام بقوانين الإصلاح السياسي الواجب الالتزام بها للانضمام للاتحاد الأوروبي .. حيث تقضي هذه القوانين بحق من يعزله الجيش من وظيفته سواء من العسكريين أم المدنيين في التظلم أمام المحاكم التركية، وهو تطور هام يغُلّ يدَ الجيش مستقبلًا عن طرد الإسلاميين من الخدمة العسكرية أو الوظائف العامة .

قضية تطويع مجلس الأمن القومي