وأخذت أمريكا تكثف من ضغوطها علي السودان وتدعم الدول المجاورة لها من أجل احتضان القوات العسكرية الجنوبية وتوفير الملاذ الآمن والقواعد الخلفية لها واستخدامها في توصيل المال والعتاد والسلاح لها ثم قامت بانتزاع قرار من مجلس الأمن الدولي بفرض عقوبات اقتصادية وسياسية علي السودان وذلك بعد محاولة اغتيال الرئيس المصري (محمد حسني مبارك) في إثيوبيا واتهام السودان بضلوعها في تلك المؤامرة.. وظل الضغط الأمريكي علي السودان يتصاعد ويتصاعد حتي وصل قمته حين قصفت أمريكا مصنعا للأدوية في الخرطوم بالصواريخ بادعاء أنه مملوك لأسامة بن لادن وهو ما اتضح خطؤه لاحقا وكانت كل هذه الضغوط علي الحكومة السودانية من أجل غرض واحد هو إجبارها علي عقد معاهدة سلام مع الجنوب يكون البند الأول والرئيسي فيها هو الإقرار بحق تقرير المصير للجنوبيين.. أي الانفصال المحتوم.المرحلة الثالثة