شعر مسلمو تركستان بالانتماء على دولة الإسلام الكبرى، فأظهروا الولاء للخلافة العباسية في بغداد، وضربوا العملة باسم الخليفة القادر وقرأوا الخطبة بإسمه ودعوا له على منابر بلادهم. كما اسلمت عن طريقهم قبائل الأوغوز ، ومن هؤلاء الأوغوز التركستانيون خرج السلاجقة، قاهروا الروم في مرقعة ملاذكرد عام 463هـ = 1071م،كذلك العثمانيون الذين كانت لهم فتوحاتهم الواسعة في اراضي الدولة البيزنطية ، ووصلوا بالإسلام إلى أوروبا في مناطق لم يفتحها المسلمون قبلهم مثل المجر وبلغاريا وإلبانيا والبوسنة والهرسك ، وأعادوا تشكيل اجزاء واسعة من خريطة الشرق الاوسط في التاريخ الوسيط، بعد قتح القسطنطينية سنة 857 هـ= 1453م، على يد السلطان محمد الفاتح . كما اقام التركستانيون الشرقيون دولة قوية في افغانستان والهند ، واستطاع ظهير الدين بابر شاه التيمورى، أن يثبت أقدام المسلمين هناك، وحافظ أبناؤه عليها حتى القرن التاسع عشر الميلادي.

ويتشكل المسلمون في تركستان الشرقية من عدة شعوب هى؛ الأويغور والقازاق والقيرغيز والأوزبك والقازاق وعددهم يزيد على 25 مليون نسمة. و هذه الشعوب كلها تنتمى إلى أصل واحد هو الأصل التركى، ويتكلمون لغة واحدة هى اللغة التركية لكن بلهجات متعددة، كما أن هذه الشعوب لها امتداد بشرى طبيعى في منطقة آسيا الوسطى أى الجزء الغربى من تركستان الكبرى، وتربطهم بهم روابط جغرافية وعرقية ولغوية وثقافية وتراثية فضلا عن الروابط الدينية.

ويمثل الأويغور الغالبية العظمى من مسلمى تركستان الشرقية ، ويعتنقون مذهب أهل السنة والجماعة، ويتكلمون اللهجة الأويغورية إحدى اللهجات التركية .