وقد قسم المفهرس فهرسه الذي سماه"كناشة"إلى 18 بابا: المصاحف - القراءات - التعبير - الحديث - الصلاة على النبي - التوحيد - التصوف - الوعظ - الأصول - الفقه - التاريخ - اللغة - المنطق - الطب - النحو والصرف - الأدب - البلاغة - متنوعات.

وقد ختم هذه الكناشة التي وصف فيها 470 مخطوطا بالمصادر التي اعتمد عليها في عمله"ككشف الظنون"وابن خلكان وابن خلدون وآخرين.

أما الفهرس الأحدث الذي وضع لهذه الخزانة هو فهرس العالم الصديق بلعربي المسمى"فهرس مخطوطات خزانة ابن يوسف"بمراكش وهو أكبر حجما من الأول حيث وصف فيه صاحبه ما يقارب 2000 مخطوط. يبدو من خلال معاينة هذا الفهرس أن صاحبه حاول وضع فهرس دقيق للتعريف بالمخطوطات حسب الطرق الحديثة المتبعة في وضع الفهارس ولهذا أخذ بعين الاعتبار المواصفات التالية: رقم المخطوط - عنوانه - مؤلفه - أوله - فرغ من التأليف الناسخ - تاريخ النسخ - مكان النسخ - التملك -التحبيس - مكان التحبيس - نوع الخط- مسطرته - مقياسه - ملاحظات مختلفة - وقد وجه عناية كبرى إلى الصفحات الأولى والأخيرة من كل مخطوط لتسجيل ما يحمله من تحبيسات أو تملكات أو إجازات أو سماعات أو تقاريظ وتوقيعات وخطوط وأسماء الموقعين على الوثائق المختلفة من قضاة وعدول وقيمين وطوابع رسمية وغير ذلك (65) . وأنهى المؤلف فهرسه بكشافات أربعة: كشاف المؤلفين وكشاف الكتب، وكشاف المحبسين، وكشاف الموضوعات. إنه فهرس يختلف عما سبق وصفه من فهارس من حيث مواصفات المخطوط كذكره للتحبيس والإجازات والسماعات وغير ذلك (66) .