كما زاد الشيخ ابن عاشور في عدد الفروع الزيتونية التي ارتقت في مدة سبع سنوات (1949-1956م) من ثمانية إلى خمسة وعشرين -منها اثنان للفتيات في تونس وصفاقس- وصار عدد تلامذة الزيتونة وفروعها يناهز العشرين ألف تلميذ في حدود سنة: (1956م) [1] .
كما امتدت شبكة فروع الزيتونة إلى القطر الجزائري بإنشاء فرعين في مدينة قسنطينة [2] .
وحرص الشيخ ابن عاشور على أن يحسّن من أوضاع الطلبة المعيشية والاجتماعية، لما له من قيمة في رفع معنويات الطلبة الزيتونيين إزاء إخوانهم الميسرين، وأمام الضغوط من حولهم على القضاء على التعليم الزيتوني [3] ، والحيرة التي كان عليها أغلب أبناء الزيتونة، والآفاق التي يمكن أن يرسموها لمستقبلهم.
وبعد اضطرابات وخلافات حول أمر التطوير، قررت السلطة إبعاد الشيخ محمد الطاهر ابن عاشور عن مباشرة وظيفته مع إبقائه في خطته، وتكليف الشيخ علي النيفر بإدارة المشيخة، وفي سنة (1956م) عاد الشيخ ابن عاشور إلى مباشرة شئون التعليم الزيتوني بعنوان شيخ عميد للجامعة الزيتونية من سنة (1956) إلى (1960م) .
كتاباته ومؤلفاته:
(1) في هذه السنة حصلت تونس على استقلالها وأصبح بورقيبة والحزب الدستوري يباشرون الحكم، وقد أخاف هذا الأخير المد الزيتوني الذي أحدثه الشيخ محمد الطاهر ابن عاشور.
(2) جامع الزيتونة المَعْلم ورجاله - محمد العزيز ابن عاشور (ص:123) .
(3) المصدر السابق (ص:123) .