المطلب الثالث: المناهج الدراسية في المعهد:
المناهج التي تدرس في القسم الابتدائي هي مناهج مدارس تحفيظ القرآن الكريم الابتدائية التابعة لوزارة المعارف، بالإضافة إلى بعض العلوم المتعلقة بالقرآن الكريم، ومناهج المرحلتين المتوسطة والثانوية هي المناهج التي تدرس في المعاهد العلمية مع إضافة بعض العلوم المتعلقة بالقرآن الكريم وعلومه كالشاطبية ورسم المصحف وتوجيه القراءات وعلم الفواصل، وبهذا يعتبر معهد القرآن الكريم وعلومه هو المعهد الوحيد الذي يدرس هذه العلوم في المملكة العربية السعودية.