وقد قامت الوزارة بعدة خطوات لتطوير نظام الجمعيات وإعادة دراسته من جديد، ولأجل ذلك عقد اجتماع موسع ضم رؤساء الجمعيات الخيرية في المملكة بتاريخ 3 / 1 / 1415هـ ، لدراسة أوضاع الجمعيات من خلال التجربة التي مرت بها وكيفية النهوض بها وتطويرها، وإعانتها بشتى السبل للقيام بمهمتها وأداء رسالتها العظيمة.

وصدر عن ذلك الاجتماع عدة قرارات ، منها:

الموافقة على توحيد الجمعيات الخيرية لتحفيظ القرآن الكريم في ثلاث عشرة جمعية رئيسة حسب توزيع مناطق المملكة، وأن تكون الجمعية الرئيسة في عاصمة المنطقة، وتتولى الوزارة الإشراف على هذه الجمعيات تحقيقًا للأغراض التالية:

أولًا: متابعة نشاط الجمعيات الخيرية لتحفيظ القرآن الكريم، والمدارس الخيرية لتحفيظ القرآن الكريم، ومراكزه الخاصة بالمملكة، وتقويمه وتوجيهه بما يضمن ازدهاره وتطويره.

ثانيًا: الإسهام في توفير الدعم المالي للجمعيات الخيرية لتحفيظ القرآن الكريم، والمدارس الخيرية لتحفيظ القرآن الكريم، عن طريق ما يخصص لذلك في الميزانية السنوية للوزارة، وتشجيع المحسنين على التبرع لها، ومعاونتها.